医生辞职两年后，其医师执业证书的处理情况主要依据《中华人民共和国医师法》和《医师执业注册管理办法》的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国医师法》第十七条：医师注册后有中止医师执业活动满二年的情形之一的，注销注册，废止医师执业证书。

2. 《医师执业注册管理办法》第十八条：医师注册后有中止医师执业活动满2年的情形之一的，医师个人或者其所在的医疗、预防、保健机构，应当自知道或者应当知道之日起30日内报告注册主管部门，办理注销注册。

二、具体处理情况

1. 注销注册与废止执业证书：

   • 如果医生在辞职后两年内没有继续从事医师执业活动，那么根据上述法律规定，其医师执业证书将被注销注册，并废止。

2. 报告与办理流程：

   • 医师个人或其所在的医疗、预防、保健机构在知道或应当知道医师中止执业活动满两年后，应在30日内向注册主管部门报告，并办理注销注册手续。

3. 特殊情况说明：

   • 如果医生在辞职后两年内虽然未直接从事医师执业活动，但参与了与医疗相关的培训、研究或其他活动，且这些活动被视为医师执业活动的延续或相关准备，那么可能需要根据具体情况来判断是否满足注销注册的条件。然而，在大多数情况下，单纯的非执业活动（如学习、研究等）并不构成执业活动的延续。

三、建议与注意事项

1. 及时了解政策变化：

   • 医疗行业的政策法规可能会随着时间和形势的变化而调整。因此，医生在辞职后应关注相关政策法规的更新，以便及时了解自己的执业证书状态。

2. 妥善保管执业证书：

   • 即使医生在辞职后不打算继续从事医师执业活动，也应妥善保管自己的医师执业证书。因为该证书是医生专业身份和执业资格的重要证明，未来可能因各种原因（如重新执业、参与医疗相关活动等）而需要用到。

3. 考虑重新执业的流程：

   • 如果医生在辞职两年后决定重新执业，需要了解并遵循相关的重新执业流程。这可能包括参加培训、考核、申请重新注册等步骤。

综上所述，医生辞职两年后，如果未继续从事医师执业活动，其医师执业证书将被注销注册并废止。因此，医生在辞职前应充分考虑自己的职业规划和发展方向，以便做出明智的决策。