结论：在一个记分周期内因闯红灯被记6分并缴纳罚款后，这6分在记分周期结束时会自动清零，但前提是该记分周期内没有其他未处理的交通违法行为累积记分达到或超过12分。

详细解释：

1. 记分周期的定义：

   • 根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，道路交通安全违法行为累积记分周期（即记分周期）为12个月，满分为12分，从机动车驾驶证初次领取之日起计算。

2. 记分清零的条件：

   • 在一个记分周期内，如果驾驶人没有累积记分达到12分，且所有交通违法行为都已接受处理（包括缴纳罚款、接受教育等），那么在该记分周期结束时，记分系统会自动将累积记分清零。
   • 对于您的情况，如果在该记分周期内，除了闯红灯被记6分并缴纳罚款外，没有其他未处理的交通违法行为累积记分，那么在该记分周期结束时，这6分会自动清零。

3. 特殊情况说明：

   • 如果在一个记分周期内，驾驶人累积记分达到或超过12分，那么记分系统不会自动清零，而是需要驾驶人按照相关规定参加道路交通安全法律、法规的学习并接受考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
   • 另外，如果驾驶人在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，车辆管理所还应当在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内对其进行道路驾驶技能考试。

建议：

• 为了确保记分能够顺利清零，建议您在每个记分周期结束前，及时查询并处理自己的交通违法行为记录，确保所有违法行为都已接受处理且累积记分未达到或超过12分。
• 如果您对记分周期、记分清零等规定有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。