国企科级干部贪污，一般由纪检监察机关和司法机关进行处理。具体分析如下：

1. 纪检监察机关的调查与处理
   国企科级干部属于国家工作人员范畴，其贪污行为首先会进入纪检监察机关的调查程序。纪检监察机关（如纪委监委）具有双重职责：

   • 纪律审查：依据《中国共产党纪律处分条例》和《中华人民共和国监察法》，对涉嫌贪污的干部进行党纪政务处分，如警告、记过、撤职、开除党籍或公职等。
     
   • 监察调查：若贪污行为涉嫌职务犯罪（如贪污罪、受贿罪），纪检监察机关会将案件移送司法机关，同时可采取留置等强制措施。
     

2. 司法机关的刑事追责
   若贪污数额达到刑事立案标准（根据《刑法》第三百八十二条，贪污罪立案标准为3万元以上，或特定情形下1万元以上），案件将由检察机关提起公诉，法院进行审判：

   • 检察机关：负责审查起诉，决定是否提起公诉，并可对犯罪嫌疑人采取逮捕、取保候审等强制措施。
     
   • 审判机关：法院根据《刑法》第三百八十三条，以贪污罪定罪量刑，刑罚幅度从三年以下有期徒刑到无期徒刑不等，并处没收财产。
     

3. 国企内部监督的协同作用
   国企内部设有监察、审计等部门，若发现科级干部贪污线索，需按《企业国有资产法》和《监察法》规定，及时移送纪检监察机关或司法机关，不得隐瞒或包庇。

总结：国企科级干部贪污的处理是“纪法衔接”的过程，先由纪检监察机关调查，涉嫌犯罪的移送司法机关，最终由法院定罪量刑。若您有具体案件细节或进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合事实与法律为您详细分析。