在劳动仲裁中，银行工资流水只有黑色印章，通常是可以的，但需确保该流水单真实、完整且能清晰反映工资发放情况。以下从不同角度为你详细分析：

银行工资流水单的效力

银行工资流水单作为工资发放的直接证据，在劳动仲裁中具有较高的证明力。黑色印章，如果是银行的业务专用章或公章，通常能够证明该流水单的真实性和合法性。仲裁机构或法院在审查时，主要关注的是流水单的内容是否真实反映了工资发放情况，而非印章的颜色。因此，只要流水单上的信息真实、完整，且能够清晰反映工资发放的时间、金额等关键信息，黑色印章并不会影响其作为证据的效力。

确保流水单真实完整的建议

1. 核对信息：在提交流水单前，务必仔细核对上面的每一笔交易记录，确保它们都是与工资发放相关的，且没有遗漏或错误。
2. 保留原件：尽量提供银行流水单的原件，如果只能提供复印件，需确保复印件与原件一致，并加盖银行公章或业务专用章以证明其真实性。
3. 补充说明：如果流水单上存在某些特殊情况或需要额外说明的地方，可以在提交时附上一份书面说明，以便仲裁机构或法院更好地理解你的情况。

可能的法律后果

如果银行工资流水单真实、完整且能清晰反映工资发放情况，那么它将成为你主张工资权益的有力证据。相反，如果流水单存在瑕疵或无法证明工资发放情况，可能会影响你的仲裁结果。例如，如果流水单上的交易记录模糊不清、存在大量无关交易或缺少关键信息，仲裁机构或法院可能无法据此认定你的工资数额，从而对你的主张产生不利影响。

其他注意事项

在劳动仲裁过程中，除了银行工资流水单外，你还可以提供其他相关证据来支持你的主张，如劳动合同、工资条、考勤记录等。这些证据可以相互印证，形成完整的证据链，提高你的仲裁成功率。

如果你在劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。