有被害人的案件并非一定不能做不起诉决定，这主要取决于案件的性质、法律规定以及具体案情。以下从不同角度为您详细分析：
一、自诉案件中的不起诉决定
在自诉案件中，被害人作为自诉人，享有完全的起诉自主权。这类案件通常包括告诉才处理的案件，如侮辱、诽谤案，暴力干涉婚姻自由案，虐待案，以及侵占案等。如果被害人选择不起诉，那么司法机关一般不会主动介入处理，即不会主动追究犯罪人的刑事责任。这是因为自诉案件的设计初衷就是尊重被害人的自主决定权，赋予其是否追究犯罪人责任的选择权。
举例说明：假设甲被乙侮辱，甲作为被害人有权选择是否向法院提起自诉。如果甲认为乙的侮辱行为并未对其造成严重伤害，或者出于其他原因选择不起诉，那么法院将不会受理此案，乙也不会因此受到刑事追究。
二、公诉案件中的不起诉决定
与自诉案件不同，公诉案件是由人民检察院代表国家提起诉讼的。这意味着，即使被害人不起诉，只要犯罪事实清楚、证据确实充分，达到了刑事立案标准，公安机关和人民检察院等司法机关依然会依法追究犯罪人的刑事责任。然而，在公诉案件中，检察机关在决定是否提起公诉时，会综合考虑多方面因素，包括被害人的意愿、犯罪的性质和情节、社会影响等。
特殊情况：
犯罪情节轻微：如果犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，或者犯罪已过追诉时效期限等，检察机关可能依法作出不起诉决定。
和解与谅解：若犯罪嫌疑人与被害人达成和解并取得谅解，且犯罪情节轻微，人民检察院也可作出不起诉决定。这种情况下，虽然被害人原本可能希望追究犯罪人的刑事责任，但通过和解和谅解，双方达成了和解协议，检察机关可能因此决定不起诉。
被害人对不起诉决定的救济途径：如果被害人对人民检察院的不起诉决定不服，可以在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。若上一级人民检察院维持不起诉决定，被害人还可以向人民法院起诉。被害人也可不经申诉，直接向人民法院起诉。
举例说明：假设丙因琐事与丁发生争执，后丙将丁打伤。虽然丁作为被害人可能希望追究丙的刑事责任，但如果丙在案发后积极赔偿丁的损失，并取得丁的谅解，且犯罪情节轻微，检察机关可能依法作出不起诉决定。如果丁对此决定不服，可以向上一级人民检察院申诉或直接向人民法院起诉。
三、不起诉决定与案底记录
需要注意的是，不起诉决定并不意味着犯罪嫌疑人没有违法犯罪事实。如果犯罪嫌疑人没有违法犯罪事实而被决定不起诉，通常不会有案底记录。但若因犯罪情节轻微或符合特定情形被不起诉，仍可能有案底记载。因为不起诉决定并非无罪判决，而是基于案件具体情况和法律规定作出的处理决定。
总结与建议：
有被害人的案件并非一定不能做不起诉决定。在自诉案件中，被害人享有完全的起诉自主权；在公诉案件中，虽然被害人不能直接决定起诉与否，但检察机关会综合考虑多方面因素决定是否提起公诉。如果您或您身边的人遇到类似法律问题，可以直接向我咨询，我将根据具体案情和法律规定为您提供有针对性的法律分析和解决方案。