违反“六不发航”制度的处罚需根据具体违规情形、造成的后果以及相关法律法规综合判定，处罚类型主要包括行政处罚、民事赔偿及刑事处罚。以下分情况详细说明：

1. 行政处罚
   “六不发航”制度是水上交通领域的重要安全规范，旨在防止船舶在不适航条件下航行引发事故。若违反该制度，海事管理机构或交通运输主管部门可依据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》《中华人民共和国海上交通安全法》等法规，对责任主体（如船长、船舶所有人、经营人）实施行政处罚。常见处罚包括：

   • 警告：对轻微违规且未造成实际危害的行为，可能先给予警告，要求立即整改。
     
   • 罚款：根据违规情节轻重，罚款金额从数千元至数十万元不等。例如，船舶未配备足够救生设备仍发航，可能被处以5000元以上罚款；若因违规导致险情，罚款可能更高。
     
   • 暂扣或吊销证书：对严重违规的船长或船员，可能暂扣其适任证书（如船长职务证书），甚至吊销证书，禁止其从事相关职业。
     
   • 责令停航整顿：对船舶本身存在重大安全隐患（如结构损坏、超载）仍发航的，可能责令船舶立即停航，限期整改，整改不合格前不得继续运营。

2. 民事赔偿
   若违反“六不发航”制度导致事故，造成他人人身伤害或财产损失，责任主体需承担民事赔偿责任。例如：

   • 人身损害赔偿：包括医疗费、误工费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等。
     
   • 财产损失赔偿：如碰撞其他船舶、损坏码头设施等，需赔偿对方修复或重置费用。
     
   • 环境损害赔偿：若违规航行导致燃油泄漏、污染水域，需承担环境修复费用及生态损失赔偿。
     赔偿金额根据实际损失、过错比例（如是否故意或重大过失）及法院判决确定。

3. 刑事处罚
   若违反“六不发航”制度的行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。常见罪名包括：

   • 重大责任事故罪：在生产、作业中违反安全管理规定，因而发生重大伤亡事故或造成其他严重后果的，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
     
   • 危险物品肇事罪：若船舶载运危险物品（如化学品、易燃易爆物）时违反发航规定，导致爆炸、泄漏等事故，可能构成此罪，处罚与重大责任事故罪类似。
     
   • 其他罪名：如故意隐瞒船舶隐患发航、伪造船舶证书等，可能涉及“伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪”等。

温馨提示：水上交通安全关乎生命财产与环境，务必严格遵守“六不发航”制度（如船舶适航、船员适任、载客载货合规、天气水文条件允许、应急设备齐全、签证手续完备）。若您或您的企业涉及水上运输业务，对具体处罚条款或合规要求有疑问，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细解答。