摩托车闯红灯确实会被罚款，并且还会被扣分。以下是对这一问题的详细解答：

1. 法律依据与罚款金额：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条的规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。摩托车作为机动车的一种，闯红灯显然违反了这一规定。
   • 通常情况下，摩托车闯红灯的罚款金额为200元，但具体金额可能因地区而异，应以当地交警部门的处罚决定为准。不过，多数地区在实际执行中，倾向于对摩托车闯红灯行为处以200元的罚款，以此作为对违规行为的严厉警示。

2. 驾驶证扣分情况：

   • 除了罚款外，摩托车闯红灯还会导致驾驶证被扣6分。这是根据道路交通安全法规对违规行为的一种额外处罚措施，旨在通过累积记分制度，加强对驾驶员的交通安全管理，督促其自觉遵守交通规则。
   • 驾驶证分数对于驾驶员来说至关重要，它反映了驾驶员的交通守法情况。一旦分数被扣满或达到一定分值，将面临更严厉的处罚，如暂扣驾驶证、重新参加交通法规学习等。

3. 其他可能的后果：

   • 若因闯红灯引发交通事故，摩托车驾驶员需根据事故的具体情况承担相应的民事赔偿责任，包括赔偿受害人的医疗费用、财产损失等。
   • 在严重情况下，如造成人员伤亡或重大财产损失，摩托车驾驶员可能构成交通肇事罪，需承担刑事责任，面临拘役、有期徒刑等刑罚。
   • 此外，在一些地区，摩托车闯红灯行为可能会被累计扣分。多次闯红灯的驾驶员，其驾驶证的准驾资格可能会受到影响，甚至可能被吊销驾驶证。

4. 处理流程与建议：

   • 一旦摩托车闯红灯被交警部门查获，驾驶员应及时到交警部门接受处理，缴纳罚款并接受扣分处罚。这是遵守法律、履行义务的重要体现。
   • 若驾驶员对处罚有异议，认为处罚不当或存在错误，有权申请行政复议或提起行政诉讼。通过法律途径维护自己的合法权益。
   • 作为摩托车驾驶员，应时刻牢记交通安全意识，严格遵守交通规则，不闯红灯、不超速行驶，共同维护良好的交通秩序。

总结与建议：摩托车闯红灯是一种严重的交通违法行为，其法律后果严重且多样。驾驶员应严格遵守交通规则，确保自身和他人的交通安全。同时，对于交警部门的处罚决定，应理性对待并及时处理。如有异议，应通过法律途径寻求解决。如果您在交通运输领域有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。