针对您提出的“借款合同明显存在非法经营法院却判合同有效怎么办”这一问题，我的结论是：您可以通过上诉或申请再审等法律途径来寻求救济，但具体能否成功需结合案件具体情况及非法经营的具体情形来判断。 以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、法院判决合同有效的可能原因
非法经营行为与合同效力的区分：
- 法院在判决时，可能会区分非法经营行为本身与基于该行为所签订的合同效力。即使借款行为涉及非法经营，但合同本身若具备合同成立的要件（如双方意思表示真实、内容合法等），且非法经营行为并未直接导致合同无效（如未违反法律、行政法规的强制性规定，未损害社会公共利益等），则法院可能判决合同有效。
非法经营情节的考量：
- 如果非法经营情节轻微，或者并未达到需要否定合同效力的程度，法院也可能倾向于认定合同有效。例如，若借款行为虽涉及未经许可的经营活动，但并未造成严重后果，且借款人已实际履行了部分或全部还款义务，法院可能认为合同应继续履行。
二、您可采取的法律救济途径
上诉：
- 如果您认为一审判决存在错误，可以在法定期限内向上一级人民法院提起上诉。在上诉过程中，您需要充分阐述非法经营行为对合同效力的影响，以及一审判决存在的错误之处，并提供相关证据支持您的观点。
申请再审：
- 如果判决已经生效，且您认为判决存在法定再审情形（如原判决、裁定认定事实的主要证据不足、未经质证或者系伪造的；原判决、裁定适用法律确有错误的等），您可以向人民法院申请再审。在再审申请中，您需要详细说明再审理由，并提供新证据或指出原判决中的错误。
三、非法经营情形对合同效力的具体影响
若非法经营行为构成犯罪：
- 如果借款行为涉及的非法经营行为已经构成犯罪（如非法吸收公众存款罪、集资诈骗罪等），则根据《民法典》的相关规定，该借款合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定无效。但需注意，即使合同无效，借款人仍需承担返还借款本金及可能产生的合法利息的义务。
若非法经营行为未构成犯罪但违反行政法规：
- 如果借款行为虽未构成犯罪，但违反了相关行政法规（如未经许可从事金融业务等），则合同效力可能受到一定影响。但具体是否导致合同无效，需结合行政法规的具体规定及案件具体情况来判断。
四、建议与注意事项
收集证据：
- 在采取任何法律行动之前，您需要充分收集证据来支持您的观点。这包括借款合同、转账记录、聊天记录、证人证言等能够证明非法经营行为及合同效力的相关证据。
咨询专业律师：
- 由于法律问题具有复杂性和专业性，我建议您在采取任何法律行动之前咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我会结合您提供的具体案情给出更详细的法律建议）。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议，并帮助您制定合适的法律策略。
注意法律程序：
- 在采取法律行动时，您需要注意法律程序的规定。例如，上诉和申请再审都有法定的期限限制，您需要在规定期限内提出申请；同时，您还需要按照法院的要求提交相关材料并参加庭审等。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。