结论：针对您夫妻常年分居13年且在外有家的情况，选择协议离婚还是起诉离婚，需根据双方的具体情况和意愿来决定。以下是从不同角度为您详细分析两种方式的利弊及适用情况。

协议离婚

1. 适用情况：

   • 如果双方对离婚、财产分割、子女抚养等问题均达成一致意见，且愿意通过友好协商的方式解决，那么协议离婚是一个相对快捷、平和的选择。
   • 协议离婚不需要经过法院诉讼程序，因此可以节省时间和费用，同时减少双方之间的冲突和矛盾。

2. 注意事项：

   • 协议离婚需要双方签订离婚协议书，并明确约定离婚后的财产分割、子女抚养等事项。协议内容必须合法、有效，且不得损害国家、集体或第三人的利益。
   • 协议离婚后，如果一方不履行协议约定的义务，另一方可以向法院提起诉讼，要求对方履行或寻求其他法律救济。但在此之前，双方应尽量通过协商或调解解决争议，以避免不必要的法律纠纷。

起诉离婚

1. 适用情况：

   • 如果双方对离婚、财产分割、子女抚养等问题存在争议，或者一方不同意离婚，那么起诉离婚可能是必要的选择。
   • 在您的情况下，由于夫妻常年分居13年且在外有家，这可能构成《民法典》中规定的“因感情不和分居满二年”的离婚情形，或者构成“重婚或有配偶者与他人同居”的过错情形，这些都可以作为起诉离婚的理由。

2. 起诉离婚的流程与注意事项：

   • 起诉准备：您需要准备起诉状、相关证据材料（如分居证明、对方过错证据等）以及身份证明等文件。
   • 法院受理：将起诉状及相关材料提交至法院，法院在审查后决定是否受理。
   • 开庭审理：如果法院受理，将安排开庭审理。在庭审过程中，您需要陈述事实、提供证据，并接受对方的质证和辩论。
   • 判决与执行：法院根据审理情况作出判决。如果判决离婚，且对方不履行判决义务，您可以向法院申请强制执行。

3. 法律后果：

   • 起诉离婚可能会涉及财产分割、子女抚养等复杂问题，需要您充分准备证据和法律依据，以维护自己的合法权益。
   • 起诉离婚过程可能相对漫长，且需要支付一定的诉讼费用。但如果您能够提供充分的证据证明对方存在过错（如重婚、与他人同居等），您可能在财产分割和子女抚养方面获得更有利的判决。

综合建议

• 如果双方能够友好协商，且对离婚、财产分割、子女抚养等问题均达成一致意见，那么协议离婚是一个相对理想的选择。
• 如果双方存在争议，或者一方不同意离婚，且您能够提供充分的证据证明对方存在过错，那么起诉离婚可能是更合适的选择。在起诉前，建议您咨询专业律师，了解具体的法律程序和策略，以更好地维护自己的权益。

无论选择哪种方式离婚，都建议您保持冷静和理性，尽量通过协商或调解解决争议。如果遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。