针对“无合法经营手续侵权怎么处理”这一问题，核心在于明确无合法经营手续情况下实施侵权行为的法律后果及应对措施。以下从不同角度进行分析：

1. 行政责任层面
   根据《无证无照经营查处办法》第六条，经营者未依法取得营业执照从事经营活动的，由市场监管部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处1万元以下罚款。若同时构成侵权（如销售假冒商品、侵犯知识产权等），还需根据《商标法》《著作权法》等专项法律承担行政处罚，例如没收侵权商品、罚款（最高可达违法经营额5倍或25万元）。
   建议：立即停止经营行为，主动向市场监管部门说明情况，配合调查并补办手续；若已造成侵权后果，需积极与权利人协商赔偿，争取减轻行政处罚。

2. 民事责任层面
   无合法手续的经营者若实施侵权（如侵犯他人商标权、专利权、肖像权等），需承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。根据《民法典》第1165条，侵权行为与损害结果存在因果关系时，经营者需全额赔偿权利人实际损失（包括直接损失和合理维权费用）。若无法证明自身无过错（如不知情使用侵权商品），仍可能被推定为有过错而担责。
   建议：保留进货凭证、合同等证据，证明自身主观无故意；若已收到权利人警告函或起诉状，需在答辩期内提交证据，避免缺席判决导致不利后果。

3. 刑事责任层面（极端情况）
   若无证经营同时涉及严重侵权行为（如生产销售伪劣产品、侵犯商业秘密等），可能触犯《刑法》第140条（生产销售伪劣产品罪）、第213条（假冒注册商标罪）等罪名。例如，违法经营数额达5万元以上或货值金额达15万元以上，即可能被追究刑事责任，最高可处7年以上有期徒刑并处罚金。
   建议：立即停止所有经营活动，委托律师评估行为性质；若已被刑事立案，需第一时间配合调查，争取从轻情节（如自首、立功、认罪认罚）。

综合处理步骤：

1. 立即自查：确认经营手续缺失的具体类型（如未办营业执照、未取得特许经营许可等）及侵权行为性质（如商标侵权、不正当竞争等）；
   
2. 补办手续：向市场监管部门申请补办营业执照或相关许可，若因客观原因无法补办（如行业禁入），需彻底终止经营；
   
3. 协商赔偿：主动联系权利人，协商赔偿方案（如支付许可费、赔偿损失等），争取达成和解并签署书面协议；
   
4. 应对处罚：若已收到行政处罚决定书或法院传票，需在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，或委托律师参与诉讼程序；
   
5. 长期合规：建立内部合规制度（如知识产权审查、进货查验等），避免再次陷入法律风险。

若您具体涉及某类侵权纠纷（如商标、专利、商业秘密等）或已收到相关法律文书，可直接向我说明情况，我将结合细节进一步分析。