结论：关于不动产中心复印的拆迁协议能否向甲方国土局加盖公章的问题，这主要取决于国土局的具体规定和操作流程，一般情况下，如果符合相关规定和流程，是可以加盖公章的。以下从多个角度进行分析：
一、公章加盖的常规流程与规定
公章使用规定：
- 公章是单位或组织的重要标识，用于正式文件、合同、协议等，具有法律效力。
- 加盖公章通常需要遵循一定的内部流程和规定，如经过相关部门或负责人的审批。
拆迁协议的性质：
- 拆迁协议是拆迁方与被拆迁方之间就拆迁事宜达成的书面协议，具有法律效力。
- 复印的拆迁协议，如果内容完整、清晰，且未经篡改，通常应被视为与原件具有同等法律效力（但需注意，在某些特定法律程序或场合，可能要求出示原件）。
二、向国土局申请加盖公章的具体情况
国土局的规定：
- 不同地区的国土局可能有不同的规定和操作流程。
- 有些国土局可能要求提供原件或特定格式的复印件，并经过特定程序才能加盖公章。
申请流程：
- 如果您需要向国土局申请加盖公章，建议先了解该局的具体规定和流程。
- 通常，您可能需要准备相关材料（如拆迁协议复印件、身份证明、申请书等），并按照规定的流程提交申请。
可能遇到的障碍：
- 如果国土局认为复印的拆迁协议不符合其规定或存在疑虑，可能会拒绝加盖公章。
- 在这种情况下，您可能需要提供原件或进行其他形式的证明，以消除国土局的疑虑。
三、建议与注意事项
提前咨询：
- 在申请加盖公章前，建议先咨询国土局的相关部门或工作人员，了解具体规定和流程。
- 这有助于您提前准备所需材料，并避免不必要的麻烦和延误。
保持沟通：
- 在申请过程中，与国土局保持密切沟通，及时了解申请进度和可能遇到的问题。
- 如果遇到困难或问题，可以寻求国土局工作人员的帮助或建议。
法律后果：
- 如果加盖公章的拆迁协议被用于非法目的或存在欺诈行为，您可能需要承担相应的法律责任。
- 因此，在申请加盖公章前，请确保拆迁协议的真实性和合法性。
如果您在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。