根据《中华人民共和国药品管理法》相关规定，未按规定建立并实施药品溯源制度的，将面临以下处罚：

1. 行政处罚措施
   根据《药品管理法》第一百二十七条，若企业未遵守药品追溯制度要求，药品监督管理部门将责令限期改正，给予警告；逾期不改正的，处十万元以上五十万元以下的罚款。

   • 若情节严重（如导致假劣药流通、危害公众健康等），可能面临吊销药品经营许可证等更严厉处罚。
     
   • 处罚对象包括药品上市许可持有人、生产企业、经营企业、使用单位等全链条主体。

2. 刑事责任风险
   若未建立溯源制度的行为与生产、销售假药/劣药等犯罪行为关联（如故意隐瞒药品来源、篡改数据等），可能触犯《刑法》第一百四十一条（生产、销售假药罪）或第一百四十二条（生产、销售劣药罪），最高可处无期徒刑并没收财产。

3. 其他连带后果

   • 企业信用受损：处罚信息将纳入国家企业信用信息公示系统，影响招投标、融资等经营活动。
     
   • 民事赔偿：若因溯源缺失导致患者损害，需承担《民法典》下的侵权赔偿责任。

实务建议：

• 企业应建立覆盖药品生产、流通、使用全过程的电子追溯系统，确保数据真实、完整、可追溯。
  
• 定期自查溯源制度执行情况，留存书面记录备查。
  
• 若已收到整改通知，需在规定期限内完成整改并提交书面报告，避免罚款升级。
  

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