涉军人与地方人员违反自然资源行政案件的处理需根据具体违法主体、违法情形及法律适用进行综合判断，核心处理原则为依法平等适用自然资源法律法规，同时兼顾军人特殊身份的合规管理要求。具体分情况说明如下：

1. 违法主体为现役军人单独实施时
   若现役军人单独实施违反自然资源管理行为（如非法占用土地、破坏矿产资源等），应优先适用《中华人民共和国军人纪律条令》及军队内部行政处罚规定。根据《行政处罚法》第三条，现役军人因身份特殊性不直接适用地方行政处罚，但军队内部纪律处分（如警告、记过、降职等）可与自然资源违法后果挂钩。若行为同时构成犯罪（如非法采矿罪），则依据《刑法》第三百四十三条追究刑事责任，军队司法机关与地方司法机关按管辖分工协作。

2. 违法主体为地方人员单独实施时
   地方人员违反自然资源管理行为（如未经批准建设、非法采砂等），由地方自然资源主管部门依据《土地管理法》《矿产资源法》《森林法》等法律法规立案查处。处罚类型包括责令停止违法行为、限期拆除、罚款、没收违法所得等；若行为涉嫌犯罪（如非法占用农用地罪），则移送公安机关立案侦查，依法追究刑事责任。

3. 违法主体为军人与地方人员共同实施时
   若军人与地方人员共同实施自然资源违法行为（如合伙非法采矿、共同侵占林地），需区分主从责任：

   • 现役军人部分：由军队内部纪律监察部门依据《军人纪律条令》对其违纪行为进行处分，同时可建议地方自然资源部门对其参与的民事违法部分（如出资、组织行为）追究民事责任；
     
   • 地方人员部分：由地方自然资源主管部门按上述单独违法情形处理；
     
   • 共同犯罪部分：若行为构成犯罪（如共同非法采矿罪），则由地方公安机关与军队保卫部门按管辖分工联合侦查，最终由司法机关统一定罪量刑，确保“军地协同、责任共担”。

4. 特殊情形：退役军人或军属违法时
   若违法主体为退役军人或军属（非现役军人），其身份不影响法律适用，地方自然资源主管部门应依法平等处理，不得因军人关联身份减轻或加重处罚。但若退役军人利用原部队关系实施违法（如冒用部队名义非法占地），可作为情节严重情形在处罚裁量中予以考量。

实务建议：涉军自然资源案件往往涉及军地协调机制，建议当事人或执法机关在处理时：

• 及时通报军队相关部门（如政治工作部、保卫部门），确保信息共享；
  
• 严格区分违纪与违法界限，避免“以纪代法”或“以罚代纪”；
  
• 对复杂案件（如跨省、涉及重大资源破坏），可申请上级自然资源主管部门或军队上级机关联合督办。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。