在起诉过程中碰到程序违法的情况，您有权通过提出异议、申请复议、上诉或申请再审等法定途径来维护自身合法权益。具体处理方式需结合违法程序的具体环节和性质来决定，以下是详细分析：

1. 及时提出异议或申请复议
   若程序违法发生在庭审阶段（如回避申请被不当驳回、证据未经质证被采纳等），您应在知道违法事实后立即向法庭提出书面或口头异议，要求法院记录在案并纠正。若法院未回应，可在收到裁定/判决后10日内向上一级法院申请复议（如对管辖权异议的裁定不服）。

2. 针对一审程序违法提起上诉
   若程序违法直接影响案件实体判决（如应当开庭而未开庭、剥夺辩论权利等），您可在收到一审判决书后15日内向上一级法院提起上诉，并在上诉状中明确指出程序违法情形及对实体判决的影响，要求撤销原判、发回重审。

3. 通过审判监督程序申请再审
   若判决已生效，但存在《民事诉讼法》第207条规定的程序违法情形（如审判组织组成不合法、违反法定诉讼程序可能影响公正审判等），您可在判决生效后6个月内向上一级法院申请再审，需提交再审申请书及证据材料（如庭审录像、文书笔录等证明程序违法的材料）。

4. 向检察机关申请检察监督
   若法院对程序违法问题拒不纠正，您可向同级或上级检察院申请检察建议或抗诉。检察机关有权对诉讼活动进行法律监督，尤其对严重程序违法（如超期羁押、非法证据排除等）会依法介入。

操作建议：

• 固定证据：立即通过书面申请、录音录像、要求法院出具书面裁定等方式留存程序违法证据；
  
• 区分违法性质：若仅属轻微瑕疵（如笔误、送达超期1日），通常不影响实体判决，可优先通过沟通解决；若属重大违法（如未依法送达导致缺席判决），必须坚决主张权利；
  
• 注意时效：上诉期、申请再审期均为法定不变期间，逾期将丧失救济权利。

程序违法可能直接导致案件被发回重审或改判，务必高度重视。若您遇到具体情形，可进一步向我描述违法细节（如发生在哪个诉讼阶段、具体表现等），我将为您分析救济路径及成功率。