故意在驾驶公交车时剪指甲是违法的。下面我来详细解释这一点：

首先，从交通安全的角度来看，《道路交通安全法》明确规定，驾驶车辆时需要保持高度的注意力和专注度，以确保行车安全。剪指甲这种行为，虽然看似简单，但实际上会分散驾驶员的注意力，增加交通事故的风险。因此，从这一角度来说，驾驶公交车时剪指甲是违反交通法规的。

其次，从公交公司的管理规定来看，公交车驾驶员在驾驶过程中需要严格遵守公司的操作规程和安全制度。这些规定通常都会明确禁止驾驶员在驾驶过程中进行任何可能分散注意力或影响驾驶安全的行为，包括剪指甲等。因此，如果公交公司有此类规定，那么驾驶员在驾驶公交车时剪指甲也是违反公司规定的。

最后，从法律后果的角度来看，如果因为驾驶员在驾驶过程中剪指甲而导致交通事故，那么驾驶员可能需要承担相应的法律责任，包括民事赔偿和行政处罚等。严重的，甚至可能构成交通肇事罪，需要承担刑事责任。

综上所述，故意在驾驶公交车时剪指甲是违法的，不仅违反了交通法规，也可能违反公交公司的管理规定，并可能引发严重的法律后果。因此，我强烈建议驾驶员在驾驶过程中保持专注，不要进行任何可能分散注意力或影响驾驶安全的行为。如果你有任何关于交通法律的问题或疑问，可以直接向我咨询。