在信息技术咨询服务协议中，通常是由提供服务的一方（即服务方/乙方）向接受服务的一方（即委托方/甲方）开具发票。以下是详细分析：

1. 合同主体与发票开具关系
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。在信息技术咨询服务协议中，服务方作为收款方，有义务在收到委托方支付的款项后开具相应发票。

2. 合同条款的约定优先性
   若协议中明确约定了发票开具方（例如约定由委托方自行开具或通过第三方代开），则以合同约定为准。但此类约定需符合税法规定，例如：

   • 委托方要求服务方开具增值税专用发票时，服务方需具备一般纳税人资格；
     
   • 若服务方为小规模纳税人，可开具增值税普通发票或申请税务机关代开专用发票。

3. 实务中的常见操作
   在信息技术服务领域，服务方通常会在收到款项后5-15个工作日内开具发票，发票内容需与协议约定的服务内容一致（如“信息技术咨询服务费”）。若委托方对发票类型（专票/普票）、税率或开具时间有特殊要求，应在协议中明确约定。

建议：

• 签订协议前，双方应明确发票类型、税率及开具时间，避免后续纠纷；
  
• 若服务方未按时开具发票，委托方可依据协议约定追究其违约责任；
  
• 涉及跨境服务时，需注意增值税免税或零税率政策的适用条件。
  

如有具体协议条款或实务场景需要分析，可直接向我咨询。