中标人在合同履行过程中发现存在违法行为的，应立即根据违法行为的性质、严重程度及影响范围，采取针对性措施，包括但不限于内部核查、与对方协商、向监管部门举报、启动法律程序等，以维护自身合法权益并防止损失扩大。具体处理方式如下：

1. 内部核查与证据固定

   • 核查违法行为性质：首先需明确违法行为的主体（是己方、对方还是第三方）、具体违法内容（如违反招投标法、合同法、行业监管规定等）及严重程度（是否构成刑事犯罪、行政违法或民事违约）。
     
   • 固定证据：收集与违法行为相关的书面文件、沟通记录、现场照片、视频、第三方检测报告等证据，确保证据的合法性、关联性与完整性，为后续处理提供依据。

2. 与对方协商整改

   • 书面通知整改：若违法行为由对方实施（如中标人发现招标人存在违规操作），应以书面形式向对方发出整改通知，明确违法事实、法律依据及整改要求，并设定合理整改期限。
     
   • 协商解决方案：若对方配合整改，可协商签订补充协议，明确整改措施、责任分担及违约责任；若对方拒绝整改，需立即启动其他法律程序。

3. 向监管部门举报

   • 选择举报途径：根据违法行为类型，向相应监管部门举报（如招投标违法行为可向财政部门、发改委或行业主管部门举报；涉嫌犯罪的，向公安机关报案）。
     
   • 配合调查：提供举报材料并配合监管部门调查，确保举报内容真实、证据充分，避免因虚假举报承担法律责任。

4. 启动法律程序

   • 民事诉讼：若违法行为导致己方损失（如对方违约或侵权），可依据《民法典》向法院提起诉讼，要求赔偿损失、解除合同或采取其他补救措施。
     
   • 行政复议或诉讼：若监管部门未依法处理违法行为，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，督促监管部门履行职责。
     
   • 刑事报案：若违法行为涉嫌犯罪（如串通投标、贪污贿赂等），可直接向公安机关报案，追究犯罪嫌疑人刑事责任。

5. 风险防范与合同管理

   • 审查合同条款：检查合同中是否约定违法行为处理机制（如违约责任、解除权、争议解决方式等），确保己方主张有合同依据。
     
   • 完善合规体系：加强内部合规管理，建立违法行为预防机制（如定期审计、员工培训、合规审查等），降低未来风险。

提示：处理违法行为时需兼顾效率与合法性，避免因措施不当导致己方陷入被动。若对具体操作存在疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性建议。