公司通过微信发工资的合法性需根据具体情况判断，在双方协商一致、符合法律法规，并能确保工资支付记录的准确性和可追溯性的前提下，微信发工资是合法的。然而，若违反相关规定或存在税务风险等问题，则可能被认定为不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
双方协商一致：
- 若公司与员工经过充分沟通，共同同意采用微信作为工资发放方式，并且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放，这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。例如，一些小型企业或创业公司，由于财务流程相对灵活，可能会与员工协商采用微信发放工资。
符合支付规定：
- 虽然《工资支付暂行规定》要求用人单位以货币形式按月支付给劳动者本人，但并未明确排除微信等电子支付方式。因此，只要微信转账满足货币支付的本质要求，即能够清晰、准确地反映工资的金额、支付时间等关键信息，且不违反其他相关法律法规，即可视为合法支付方式。
临时应急处理：
- 在特殊情况下，如公司财务系统故障或银行转账受阻时，为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，采用微信方式应急发放工资，这种做法通常也是被允许的。但需注意，这应作为临时措施，而非长期支付方式。
需要注意的问题与风险
举证困难：
- 若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，如“工资通过微信转账方式发放，转账记录作为工资支付凭证”等。
记录有效性：
- 微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。同时，公司也应建立相应的记录保存制度，确保工资支付记录的完整性和可追溯性。
系统故障风险：
- 微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。公司应建立应急预案，如备用支付方式、紧急联系人等，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。
税务风险：
- 通过微信发放工资可能不利于税务监管，公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。例如，若公司未按规定代扣代缴个税，可能面临补缴税款、罚款等后果。
行业或地区规定：
- 部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异，公司应遵守当地的相关规定进行工资发放。
合法合规性建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。例如，可以在合同中约定“工资通过微信转账方式发放，每月XX日为工资发放日”等。
选择对公账户：
- 为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。例如，可以使用公司注册的微信商户号进行工资发放，并保留完整的转账记录。
完善财务管理制度：
- 公司应建立健全的财务制度，对工资支付进行规范化管理。包括明确的支付流程、记录保存和税务申报等。这有助于降低税务风险和管理成本，提高工资发放的准确性和效率。
综上所述，公司通过微信发工资的合法性需综合考虑多种因素。在确保操作合规、妥善处理可能出现的问题，并充分保障劳动者权益的前提下，微信发工资是可以被视为一种合法的支付方式。但为降低潜在风险，建议公司优先考虑通过正规银行渠道发放工资，并完善相关合同约定和财务管理制度。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。