商铺在居民区深夜卸货扰民是违法的。以下从多个角度为您详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国噪声污染防治法》的相关规定，商业经营活动中产生的噪音污染由生态环境主管部门监督管理。该法明确禁止在噪声敏感建筑物集中区域（如居民区）使用高音广播喇叭，或者采用其他发出高噪声的方法招揽顾客、进行商业宣传等行为。虽然该法未直接提及深夜卸货，但卸货过程中产生的噪音若超过国家规定的标准，同样构成噪音污染，违反了该法的相关规定。

扰民行为的具体表现

深夜卸货往往伴随着搬运、装卸等动作，这些动作产生的噪音，如重物落地声、车辆引擎声、人员交谈声等，都可能对周边居民的正常休息和生活质量造成严重影响。特别是对于老人、孩子以及需要良好睡眠环境的上班族来说，这种噪音干扰尤为明显。

维权途径

1. 与商铺直接沟通协商：

   • 居民可以推选代表，与商铺负责人进行面对面的友好沟通，说明深夜卸货噪音对居民生活的影响。
   • 提出合理建议，如调整卸货时间至白天或选择其他相对合适的时段，或者采取降噪措施，如在卸货区域铺设隔音垫等。

2. 向相关部门投诉反映：

   • 环保部门：居民可以向当地环保部门举报商铺深夜卸货的噪音问题，提供详细的时间、地点和噪音情况描述。环保部门有权对商铺进行检查和监测，若确认存在超标噪音，可责令其整改并依法处罚。
   • 城管部门：如果商铺的卸货行为违反了城市管理相关规定，如占道卸货等，居民也可以向城管部门反映，请求其协助处理。
   • 物业管理部门：如果是小区内部的商铺，居民可以先向小区的物业管理处反映情况。物业有责任协调解决小区内的各类纠纷和问题，他们可以出面与商铺沟通，要求其遵守相关规定，减少对居民的影响。

3. 法律途径维权：

   • 收集证据：如果沟通和投诉都无法解决问题，居民可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。首先，要收集充分的证据，如录音、录像等，证明商铺深夜卸货产生的噪音确实超过了国家规定的标准，并且对自己的生活造成了实际影响。
   • 提起诉讼：根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产权利人不得违反国家规定弃置固体废物，排放大气污染物、水污染物、土壤污染物、噪声、光辐射、电磁辐射等有害物质。居民可以以相邻权受到侵害为由，向人民法院提起诉讼，要求商铺停止侵权行为，赔偿因噪音扰民造成的损失。

预防措施

为了避免类似问题的再次发生，居民可以与商铺建立定期的沟通机制，及时了解商铺的运营计划和可能产生噪音的活动安排，提前做好应对准备。同时，社区也可以通过宣传栏、社区广播等方式，加强对居民和商家的法律法规宣传教育，提高大家的环保意识和法律意识，共同营造一个安静、和谐的居住环境。

综上所述，商铺在居民区深夜卸货扰民是违法的，居民可以通过多种途径来维护自己的合法权益。如果您遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。