结论：信用社贷款协商还款期间被扣款能否要回，需分情况讨论，具体如下：

1. 若协商还款协议明确约定暂停或调整还款方式，且信用社未经同意擅自扣款
   根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同。若您与信用社签订的书面协商还款协议中明确约定了暂停自动扣款、调整还款金额或期限等内容，而信用社在未取得您同意的情况下擅自扣款，属于违约行为。您有权要求信用社返还被扣款项，并可主张其承担违约责任（如赔偿利息损失等）。
   操作建议：立即留存协商还款协议、扣款记录（银行流水、短信通知等）作为证据，书面要求信用社返还扣款并说明理由。若对方拒绝，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。

2. 若协商还款协议未明确约定扣款方式，或信用社扣款符合协议约定
   若协商还款协议中未明确排除自动扣款条款（如原贷款合同中已约定自动扣款，且协商时未修改该条款），或信用社扣款金额、时间与协议约定一致，则其扣款行为可能合法。此时要求返还扣款的难度较大，但可尝试通过协商调整后续还款计划。
   操作建议：核对原贷款合同及协商还款协议的具体条款，确认扣款是否符合约定。若认为扣款存在不合理之处（如重复扣款、金额错误），可要求信用社提供扣款依据并申请更正。

3. 若信用社扣款行为涉嫌违规或侵权（如系统故障、误扣他人款项）
   若扣款因信用社系统故障、操作失误或误扣他人款项导致，属于信用社过错，您有权要求其立即返还并赔偿损失。
   操作建议：第一时间联系信用社说明情况，要求其核查扣款原因并出具书面说明。若对方拖延处理，可向银保监会或金融消费者权益保护机构投诉，必要时通过法律途径维权。

温馨提示：协商还款期间，建议您保留所有书面沟通记录（如邮件、短信、录音等），并定期核对账户变动情况。若对扣款有异议，务必在法定时效内（一般为3年）主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。