若在标后发现中标人与代理机构存在关系，可按以下步骤处理，核心结论是：根据关系的性质和影响程度，采取质疑投诉、行政监督或法律诉讼等措施维护合法权益：

1. 核实关系性质及影响
   首先需确认中标人与代理机构的关系是否属于法律禁止的关联情形。根据《招标投标法》第十二条、第十八条及《招标投标法实施条例》第十三条、第四十二条，若代理机构与投标人存在控股、管理关系，或存在可能影响公正性的利益关联（如代理机构工作人员同时担任投标人高管、股东等），则属于违规情形。需重点核查：

   • 代理机构是否为中标人的子公司、参股公司或存在其他控制关系；
     
   • 代理机构工作人员是否在中标人处兼职或持有股份；
     
   • 招标过程中是否存在信息泄露、量身定制招标文件等异常行为。
     若关系直接影响招标公正性（如代理机构操纵评标、泄露标底），则构成违法；若仅为普通业务往来（如代理机构同时为多家投标人提供服务），则可能不违规。

2. 分情况采取维权措施

   • 情况一：关系违规且影响中标结果
     若确认存在法律禁止的关联关系，且该关系导致中标结果不公正（如中标人资质不符、报价异常等），可依据《招标投标法》第六十五条向招标人提出书面质疑，要求其暂停合同签订并重新审查中标资格。若招标人未处理，可在知道或应当知道权益受损之日起10日内向行政监督部门（如发改委、住建部门）投诉，提交关系证明材料（如工商登记、人员任职记录等）。行政监督部门将调查核实，若违规属实，可责令改正、宣布中标无效，并处罚代理机构（罚款、暂停业务等）。
     
   • 情况二：关系存疑但证据不足
     若仅怀疑存在关联但缺乏直接证据（如仅发现代理机构与中标人有过合作），可先通过公开渠道（如企业信用信息公示系统）查询双方股权、人员关系，或申请法院调取银行流水、通信记录等证据。若后续发现违规线索，再启动质疑投诉程序。
     
   • 情况三：关系合法但程序瑕疵
     若代理机构与中标人的关系不违反法律禁止性规定（如仅为同一集团下属独立法人），但招标过程中存在程序瑕疵（如未披露关联关系、评标过程不透明），可要求招标人补充披露信息，或通过行政监督部门督促其完善程序，但一般难以直接推翻中标结果。

3. 法律诉讼作为最终救济
   若行政监督部门未依法处理，或中标结果已对自身造成实质损害（如丧失合同机会），可依据《民事诉讼法》向法院提起民事诉讼，主张招标行为无效或要求赔偿损失。诉讼需提供充分证据证明关联关系与中标结果之间的因果关系（如代理机构故意抬高其他投标人评分、泄露己方技术方案等）。

提示：处理此类问题需严格遵循时效规定（质疑期一般为中标公示期，投诉期为知道权益受损后10日），且证据收集是关键。若涉及复杂股权结构或隐蔽利益输送，建议委托律师协助调查。如有具体线索或证据，可直接向我咨询进一步处理方案。