针对您提出的“机动车与行人发生碰撞，主次责任有损伤车有损伤怎样索赔”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、赔偿原则与责任划分

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车与行人发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，首先由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。对于不足的部分，将根据双方的过错程度来划分赔偿责任。在您描述的情况中，既然已经明确了主次责任，那么赔偿将依据这一责任划分来进行。

二、赔偿项目与计算方式

行人方面的赔偿项目

1. 医疗费：包括诊疗费、医药费、住院费等，需根据医疗机构出具的收款凭证和相关病历、诊断证明来确定。
2. 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况来计算。误工时间由医疗机构出具的证明确定，若因伤致残持续误工，则计算至定残日前一天。
3. 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限来确定。通常护理人员为一人，但医疗机构或鉴定机构有明确意见的，可参照确定。
4. 交通费：根据受害人及其必要的陪护人员因就医或转院治疗实际发生的费用来计算，需以正式票据为凭。
5. 其他费用：如住宿费、住院伙食补助费、营养费、残疾赔偿金（若行人伤残）、精神损害抚慰金等，也将根据具体情况和相应标准进行计算。

机动车方面的赔偿项目

1. 车辆维修费用：行人需赔偿机动车因碰撞造成的维修费用，具体金额以正规维修发票和维修清单为准。
2. 其他财产损失：若机动车上其他物品（如车内设备、装饰）因事故损坏，行人也需承担相应的赔偿责任。
3. 停运损失：对于营运车辆（如出租车、货车），行人还需赔偿因维修期间无法正常运营而产生的停运损失。

三、赔偿流程

1. 报案与查勘：事故发生后，应立即向交警部门报案，并向保险公司报险。交警将进行事故查勘并出具事故认定书，明确事故责任。
2. 申请理赔：受害人（或其家属）和机动车一方应收集相关证据材料（如医疗费用发票、病历、诊断证明、维修发票等），并向各自的保险公司提交理赔申请。
3. 协商与调解：保险公司会对理赔申请进行审核，并与双方就赔偿金额进行协商。若协商不成，可通过交警部门进行调解。
4. 诉讼解决：若调解仍无法达成一致，双方可向人民法院提起诉讼，要求对方及保险公司承担相应的赔偿责任。

四、特殊情况与注意事项

1. 交强险的无责赔偿：即使行人负主责，机动车一方的交强险仍需在无责赔偿限额内进行赔付（死亡伤残赔偿限额18,000元、医疗费用赔偿限额1,800元、财产损失赔偿限额100元）。
2. 行人经济困难：若行人经济困难无法足额赔偿，双方可协商赔偿方式和期限，如分期赔偿。
3. 保留证据：双方应妥善保管好所有与事故相关的证据材料，以便在后续理赔或诉讼中作为依据。
4. 及时报案：事故发生后应及时向交警部门和保险公司报案，以免错过理赔时效。
5. 了解保险条款：在购买车险时，应仔细阅读保险条款，了解保险责任和免责范围。

综上所述，机动车与行人发生碰撞且主次责任明确时，赔偿问题需综合考虑法律规定、双方过错、损害后果及保险条款等因素。在实际操作中，建议双方首先尝试协商解决；协商不成时，可寻求专业法律援助以维护自身合法权益。