结论：在烟草案件中，若开始时无证无照经营，案发后立即办理了营业执照，处罚决定通常会基于案发时的违法行为，即无证无照经营烟草制品的行为来进行。不过，具体处罚还需考虑案件的具体情况、相关法律法规以及执法部门的裁量。

详细分析：

1. 违法行为认定：

   • 在烟草案件中，无证无照经营烟草制品是明确的违法行为。根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其相关实施条例，经营烟草制品必须取得相应的许可证和营业执照。
   • 案发时若未取得这些证件，即构成无证无照经营，这是执法部门处罚的主要依据。

2. 案发后办理营业执照的影响：

   • 案发后立即办理营业执照，虽然表明了经营者有改正违法行为的意愿，但这并不改变案发时已经存在的违法行为事实。
   • 执法部门在作出处罚决定时，主要考虑的是案发时的违法行为及其后果，而不是案发后的补救措施。

3. 处罚决定的依据：

   • 处罚决定将基于案发时的违法行为、违法情节、违法后果以及相关法律法规的规定来作出。
   • 可能的处罚包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销营业执照等，具体取决于违法情节的严重程度和执法部门的裁量。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果经营者在案发后能够积极配合执法部门的调查，主动交代违法行为，并采取有效措施减轻或消除违法后果，执法部门可能会在处罚时予以考虑，适当减轻处罚。
   • 但这并不意味着可以完全免除处罚，因为案发时的违法行为已经构成，必须承担相应的法律责任。

建议：

• 对于此类情况，建议经营者在经营前务必了解并遵守相关法律法规，确保取得所有必要的许可证和营业执照。
• 如果已经发生违法行为，应立即停止经营，并积极配合执法部门的调查和处理工作，以减轻可能的法律后果。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和建议。