财务违规行为的处罚部门主要取决于违规行为的性质和严重程度，具体可分为行政处罚和刑事处罚两大类，分别由不同的部门负责。以下是对此问题的详细分析：
一、行政处罚部门
财政部门：
- 对于一般的财务违规行为，如不依法设置会计账簿、私设会计账簿等，通常由县级以上人民政府财政部门负责处罚。
- 处罚措施可能包括责令限期改正、警告、罚款、吊销会计从业资格证书等。例如，伪造、变造会计凭证、会计账簿等行为，若尚不构成犯罪，单位可能面临五千元以上十万元以下的罚款，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临二千元至五十万元的罚款。
税务部门：
- 如果财务违规行为涉及税务方面，如逃税、虚开发票等，税务部门将介入调查并可能进行处罚。
- 税务部门有权对违规单位或个人进行税务稽查，并根据违规情节给予相应的税务处罚，如补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
审计部门：
- 对于国有企业或政府投资项目等，审计部门可能对财务违规行为进行审计监督。
- 审计部门发现违规行为后，会提出审计意见或建议，并可能将违规情况移送相关部门进行进一步处理。
二、刑事处罚部门
公安机关：
- 如果财务违规行为构成犯罪，如逃税罪、提供虚假财务报告罪、职务侵占罪等，公安机关将立案侦查。
- 公安机关在侦查过程中，会收集证据、查明事实，并将犯罪嫌疑人移送检察机关审查起诉。
检察机关：
- 检察机关对公安机关移送的财务违规犯罪案件进行审查起诉。
- 如果检察机关认为犯罪事实清楚、证据确实充分，将向人民法院提起公诉，由人民法院进行审判。
人民法院：
- 人民法院是财务违规犯罪案件的审判机关。
- 人民法院根据犯罪事实和法律规定，对犯罪嫌疑人进行定罪量刑，并作出相应的刑事判决。
三、特殊情况下的处罚部门
- 行业自律组织：对于会计、审计等行业的财务违规行为，行业自律组织如会计行业协会、审计协会等也可能进行自律惩戒，如通报批评、暂停会员资格或除名等。
总结与建议：
财务违规行为的处罚部门多样，具体取决于违规行为的性质和严重程度。对于一般的财务违规行为，通常由财政部门、税务部门或审计部门进行行政处罚；对于构成犯罪的财务违规行为，则由公安机关、检察机关和人民法院进行刑事处罚。因此，建议企业在日常运营中严格遵守财务法规，确保财务活动的合规性，以避免不必要的法律风险和处罚。如有任何财务法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。