当您收到立案通知书并对其中内容存在异议时，您可以按照以下清晰、详细的步骤来处理，以确保您的合法权益得到妥善维护：
一、初步核实与理解
仔细阅读：首先，请务必认真、仔细地阅读立案通知书的全部内容，包括案件的性质、立案机关、涉及的具体事项以及您的权利和义务等。
核实信息：核实立案通知书中的被告知对象、案件性质、立案机关及具体事项是否准确无误。如果您对任何信息有疑问或不明确，应立即与发出立案通知书的机关联系，进行询问和确认。
二、表达异议与沟通
提出异议：如果您对立案通知书中的某些内容确实存在异议，如认为案件性质认定错误、立案机关无管辖权等，您可以在规定的时间内，以书面形式向立案机关提出异议。在异议书中，请详细阐述您的理由和依据。
保持沟通：在提出异议的同时，保持与立案机关的沟通渠道畅通。您可以主动联系立案机关，了解案件进展和异议处理情况，以便及时调整您的应对策略。
三、配合调查与准备
配合调查：根据立案通知书的要求，积极配合相关机关的调查工作。这包括提供相关证据材料、接受询问等。在配合过程中，请如实陈述事实，不得隐瞒或歪曲真相。
准备证据：如果您认为立案通知书中的某些内容不准确或存在误解，您应积极收集相关证据来支持您的观点。这些证据可以是书面材料、物证、证人证言等。
四、了解法律程序与权利
了解程序：关注立案通知书中提到的法律程序和规定，明确自己在法律程序中的权利和义务。例如，了解是否有权申请听证、提出上诉或申请复议等。
行使权利：在规定的时间内，根据您的实际情况和需要，行使您的法律权利。如果您对立案通知书中的某些决定不服，您可以按照法律程序提出上诉或申请复议。
五、寻求专业法律帮助
咨询律师：如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，建议您及时咨询专业律师。律师可以为您提供专业的法律意见和帮助，指导您如何更好地应对立案通知书带来的问题。
委托代理：如果您需要法律代理服务，您可以委托律师作为您的代理人，代表您处理与立案通知书相关的法律事务。
六、根据案件类型采取针对性策略
刑事案件：如果您是刑事案件的被害人或犯罪嫌疑人，您需要根据您的角色和案件性质，采取相应的策略。例如，作为被害人，您可以关注赔偿问题；作为犯罪嫌疑人，您应及时委托律师并如实供述罪行。
民事案件：如果您是民事案件的原告或被告，您需要准备证据、关注开庭时间、考虑和解或调解等。
行政案件：如果您是行政案件的原告或被告（通常为行政机关），您需要熟悉相关法规、补充证据、积极参与庭审等。
七、保持冷静与理智
在整个处理过程中，请保持冷静和理智。不要因为情绪激动而做出不理智的行为或决策。通过合法、合理的途径来维护您的权益，是解决问题的最佳方式。
综上所述，当您对立案通知书有异议时，请按照上述步骤有序处理。通过仔细阅读、表达异议、配合调查、了解法律程序、寻求法律帮助以及根据案件类型采取针对性策略等措施，您可以更好地维护自己的合法权益。