如果被告对民事案件的立案有异议，可以按照以下步骤处理：
及时提出异议：
- 在收到法院关于立案的相关通知或决定后，应尽快向法院提交书面的异议申请。明确阐述异议的具体内容和理由，比如认为案件不应由该法院管辖、原告主体不适格等。
详细说明理由：
- 在异议申请中，需要详细说明认为不应立案的原因。例如，如果认为管辖权存在问题，应指出案件应由其他法院管辖，并附上相关证据材料，如合同中的管辖条款、法律规定等。如果认为原告主体不适格，不具备提起诉讼的资格，也应提供相应的证据材料，如原告的身份信息错误等。
提供证据材料：
- 附上能支持异议主张的证据材料是非常重要的。这些证据材料应直接相关且能够证明异议的合理性。例如，证明管辖权的相关合同约定、法律规定，或者证明原告主体不适格的身份信息错误等材料。
等待法院审查：
- 法院会对异议进行审查，并会在一定期限内作出是否受理异议的决定。在此期间，被告应耐心等待，并准备好可能的进一步法律行动。
可能的结果及应对：
- 若异议成立：法院可能会撤销立案，并告知当事人正确的立案途径。此时，被告可以按照法院的指示进行后续操作。
- 若异议不成立：法院会驳回异议申请，案件继续按原程序进行。此时，被告应积极参与诉讼过程，准备应诉材料，并考虑是否需要提起上诉或寻求其他法律救济途径。
救济途径：
- 如果对法院驳回异议的决定不服，被告可以在规定时间内向上一级法院提起上诉，寻求进一步的司法救济。这是法律赋予当事人的重要权利，应合理利用。
法律背景与建议：
- 在民事诉讼中，立案是诉讼程序的第一步，对于案件的后续进展具有重要影响。因此，如果被告对立案有异议，应及时提出并充分说明理由。
- 被告在提出异议时，应确保异议内容的合理性和证据材料的充分性。这有助于提高异议被法院采纳的可能性。
- 如果被告对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到保障，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助被告更好地应对诉讼过程。
可能的法律后果：
- 如果被告未及时提出异议或异议未被法院采纳，案件将继续按原程序进行。这可能导致被告需要承担不利的诉讼结果。
- 如果被告提出的异议成立并被法院采纳，案件可能会被撤销立案或转移至有管辖权的法院审理。这有助于保护被告的合法权益并确保诉讼程序的公正性。
总之，如果被告对民事案件的立案有异议，应及时提出并充分说明理由，同时提供相关的证据材料。在等待法院审查的过程中，被告应做好应诉准备，并根据法院的决定采取相应的法律行动。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。