《民法典》第三百五十五条主要涉及建设用地使用权分层设立时的物权确权规则，其核心在于明确不同层次建设用地使用权的权利边界与确权依据。以下从法律条文解析、实务应用、注意事项三个角度展开说明：

1. 法律条文解析：分层设立的物权确权规则

根据《民法典》第三百五十五条：“建设用地使用权可以分层设立。建设用地使用权分层设立的，使用期限和取得方式等，依照法律、行政法规的规定办理；没有规定的，应当按照当事人约定；没有约定或者约定不明确的，依照空间位置确定权利归属。”

• 分层设立的合法性：法律明确允许同一建设用地在不同空间层次（如地下、地表、地上）分别设立使用权，例如地下商场、地表建筑、地上高架轨道等。
  
• 确权依据的优先级：
  
  • 有法律/行政法规规定的：直接适用（如《城市地下空间开发利用管理规定》对地下建设用地使用权的期限、用途等规定）；
    
  • 无规定的：以当事人约定为准（如合同中明确各层次使用权的范围、期限、费用等）；
    
  • 无约定或约定不明：按空间位置确定权利归属（如地下部分归开发地下空间的主体，地上部分归建设地上建筑的主体）。

2. 实务应用：常见场景与确权要点

• 场景一：地下空间开发
  若开发商通过出让取得地表建设用地使用权后，又通过协议取得地下空间使用权，需在合同中明确地下空间的范围（如深度、面积）、用途（如停车、商业）、期限（可与地表使用权期限不同）等。若无约定，发生纠纷时可能以实际使用范围（如施工图纸、测绘数据）作为确权依据。
  
• 场景二：地上空间利用
  如建设高架轨道或空中连廊，需与地表土地使用权人协商并签订协议，明确空中部分的权属、使用限制（如是否影响地表建筑采光、通风）等。若未约定，可能以“谁建设、谁所有”为原则，但需结合空间位置是否独立、是否损害他人权益等因素综合判断。
  
• 场景三：复合利用项目
  例如“地铁+商业综合体”项目，需分层设立地表、地下建设用地使用权，并明确各部分的权属、收益分配、管理责任等。若未约定，可能因权属不清导致运营纠纷（如地下部分收益归属、维修责任划分）。

3. 注意事项：风险防范与建议

• 合同约定优先：分层设立使用权时，务必在合同中详细约定各层次的范围、期限、用途、费用、违约责任等，避免“约定不明”导致的法律风险。
  
• 登记公示效力：根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立需经依法登记才发生效力。分层设立使用权后，应及时办理不动产登记，明确各层次权利的边界（如通过三维坐标标注空间范围）。
  
• 相邻权保护：分层使用可能影响相邻不动产权利人（如地下施工导致地表建筑沉降、空中连廊遮挡采光），需提前评估并协商补偿方案，否则可能构成侵权。
  

总结：第三百五十五条为建设用地使用权分层设立提供了确权规则，核心是“有约定从约定，无约定按空间位置确定”。实务中需通过合同约定、登记公示、相邻权协调等措施防范风险。若涉及具体项目，可进一步向我咨询分层设立的合同条款设计、权属登记流程等问题。