当施工单位工程质量不合格时，其清退与赔偿问题需依据合同约定、相关法律法规及实际情况来综合判定。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿责任的确定
查明原因：
- 首先，需要明确工程不合格的具体原因。若因施工单位施工质量低劣、使用不合格材料、未遵循设计图纸或施工规范等导致，施工单位应承担相应责任。
评估损失：
- 接下来，需全面评估不合格工程造成的实际损失，这包括但不限于修复费用、拆除不合格工程的费用、因工程延误导致的额外建设成本、经营损失（如业主的额外租金或营业损失）等。
法律与合同依据：
- 赔偿责任的确定需依据相关法律法规，如《民法典》、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等，以及施工合同中的相关条款。若合同中有明确约定且不违反法律法规强制性规定，应按合同约定执行。
二、不同情形的赔偿责任
修复后经验收合格：
- 施工单位应承担修复费用，包括材料费、人工费、设备费等直接成本，以及因修复导致的工期延误等间接损失。此情形下，施工单位虽需承担修复责任，但仍有权获得工程价款（扣除修复费用部分）。
修复后经验收仍不合格：
- 施工单位通常无权请求工程价款，并需对发包人因工程不合格遭受的全部损失承担赔偿责任。这包括但不限于租赁替代场地的费用、生产延误损失、对第三方承担的违约责任等。若发包人也有过错（如未提供必要的施工条件或设计变更等），则根据其过错程度相应减轻施工单位的赔偿责任。
未经验收擅自使用：
- 若发包人未经竣工验收擅自使用工程，并以质量不符合约定为由主张权利，通常不予支持。但施工单位仍需对地基基础工程和主体结构质量在合理使用寿命内承担责任。对于一般性的质量问题，若发包人已擅自使用，则可能视为其认可工程质量，施工单位无需承担赔偿责任。
三、赔偿范围与考量因素
- 赔偿范围：包括直接损失（如修复费用、拆除费用等）和间接损失（如经营损失、对第三方承担的违约责任等）。间接损失的赔偿需满足因果关系及可预见性条件。
- 考量因素：在确定赔偿金额时，还需综合考虑不合格的程度、对工程整体使用功能的影响、对人身或财产安全的威胁等因素。这些因素将直接影响最终的赔偿结果。
四、建议与争议解决
- 建议：面对建设工程质量不合格的情况，建议首先查阅合同条款，并咨询专业律师或相关机构，以制定符合法律法规且兼顾双方利益的赔偿方案。同时，注重证据的收集和保留，以便在必要时提供有力支持。
- 争议解决：若双方无法就赔偿事宜达成一致，可通过法律途径解决，包括起诉至法院或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应积极配合调查取证工作，以维护自身合法权益。
综上所述，施工单位工程质量不合格时的清退与赔偿问题需综合考虑多方面因素。建议在实际操作中遵循法律法规和合同约定，确保赔偿责任的确定既合法又合理。