若公诉方司法鉴定意见书存在重大缺陷，可采取以下措施：

1. 及时提出异议并申请重新鉴定或补充鉴定

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，当事人和辩护人、诉讼代理人有权对鉴定意见提出异议。如果认为鉴定意见存在程序违法、依据不足、方法错误等重大缺陷，影响案件公正审判的，应当在法庭审理过程中及时向法庭提出。
   • 操作方式：以书面形式向法庭提交重新鉴定或补充鉴定的申请，详细阐述原鉴定意见存在的缺陷及理由，例如鉴定机构或鉴定人不具备相应资质、鉴定程序严重违法（如未依法通知相关人员到场见证、未依法封存检材等）、鉴定方法错误导致结果明显不合理、鉴定意见与在案其他证据存在明显矛盾且无法排除等。同时，可附上相关证据材料或法律依据，以支持申请。

2. 申请鉴定人出庭作证

   • 法律依据：《刑事诉讼法》规定，公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议，人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为定案的根据。
   • 操作方式：在庭审前或庭审过程中，向法庭提出申请鉴定人出庭的请求，要求鉴定人当庭就鉴定过程、方法、依据等问题接受控辩双方的质询。通过鉴定人的出庭作证，可以更直接地发现原鉴定意见中存在的问题，为法庭准确认定案件事实提供依据。如果鉴定人无正当理由拒不出庭，其出具的鉴定意见将失去法律效力，不能作为定案的依据。

3. 申请专家辅助人出庭

   • 法律依据：根据相关司法解释，公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人可以申请法庭通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见提出意见。有专门知识的人出庭，适用鉴定人的有关规定。
   • 操作方式：向法庭提交申请专家辅助人出庭的申请书，说明申请专家辅助人的理由和目的，以及拟邀请的专家辅助人的基本情况（如专业领域、资质等）。专家辅助人出庭后，可以对原鉴定意见进行专业分析和评价，指出其中存在的问题和不合理之处，为法庭提供专业的参考意见，帮助法庭更准确地理解和判断鉴定意见的科学性和可靠性。

4. 在辩护或代理意见中充分阐述观点

   • 操作方式：在撰写辩护词或代理词时，要针对公诉方提交的存在重大缺陷的司法鉴定意见书，进行全面、深入的分析和反驳。从鉴定主体、鉴定程序、鉴定方法、鉴定依据等多个方面入手，详细阐述原鉴定意见存在的问题及其对案件事实认定的影响，并提出合理的怀疑和质疑。同时，结合在案的其他证据，论证原鉴定意见不能作为定案的依据，为法庭作出公正的判决提供有力的辩护或代理意见。