结论：甲乙双方共同创造论文，甲方若想将不全部版权转让给乙方，需签订一份详细的版权转让协议，明确转让的具体内容、范围、期限、双方的权利义务以及违约责任等。以下是从多个角度对如何签订该协议的详细分析：
一、协议核心条款
转让内容：
- 明确甲方转让给乙方的版权具体包括哪些部分，例如是否包括复制权、发行权、出租权、展览权、表演权、放映权、广播权、信息网络传播权、摄制权、改编权、翻译权、汇编权等。
- 若甲方仅转让部分版权，需详细列举转让的版权种类，并保留其他未转让版权的所有权。
转让范围：
- 确定版权转让的地域范围，是全国范围还是特定地区，或是全球范围。
- 明确版权转让的时间范围，是永久转让还是有限期转让，若有限期转让，需明确具体期限。
双方权利义务：
- 甲方应确保所转让的版权不存在任何权利瑕疵，如未侵犯第三方的版权或其他合法权益。
- 乙方在获得版权后，应按照协议约定的方式使用版权，不得超出约定的范围或期限使用。
- 双方应就版权的后续使用、收益分配等事项进行明确约定。
违约责任：
- 明确若一方违反协议约定，应承担的违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
- 约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
二、协议签订流程
协商谈判：
- 甲乙双方应就版权转让的具体事项进行充分协商，达成一致意见。
- 协商过程中，双方可就协议条款进行修改和完善，确保协议内容符合双方利益。
起草协议：
- 根据协商结果，起草版权转让协议。协议内容应详细、明确，避免使用模糊或歧义的表述。
- 协议可由一方起草，也可由双方共同起草或委托第三方起草。
审查修改：
- 双方应对起草好的协议进行审查，确保协议内容无误且符合双方利益。
- 如有需要，可对协议进行修改和完善，直至双方满意。
签署协议：
- 双方在协议上签字或盖章，表示同意协议内容并愿意受其约束。
- 签署协议时，双方应确保具有完全民事行为能力，且协议内容不违反法律法规的强制性规定。
三、注意事项
版权登记：
- 版权转让后，建议双方到版权登记机构办理版权变更登记手续，以更好地保护双方权益。
- 版权登记是证明版权归属和转让情况的重要依据，有助于在发生纠纷时维护自身权益。
保密条款：
- 若协议涉及商业秘密或敏感信息，双方应约定保密条款，明确保密义务和保密期限。
- 保密条款有助于保护双方的商业利益和隐私安全。
法律适用：
- 明确协议适用的法律，通常选择双方共同认可的法律或与协议履行地相关的法律。
- 法律适用条款有助于在发生纠纷时确定管辖法院和适用法律。
在签订版权转让协议时，建议双方充分沟通、协商，确保协议内容明确、合法、有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。