在行政诉讼中，如果发现被告（行政机关）隐瞒了主要证据，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
及时提出异议并申请法院调取证据：
- 在庭审过程中，一旦您发现被告隐瞒了关键证据，应立即向法庭提出异议，明确指出被告未提交应当提交的证据，并请求法院责令被告提交或依职权调取相关证据。
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十一条的规定，与本案有关的下列证据，原告或者第三人不能自行收集的，可以申请人民法院调取：（一）由国家机关保存而须由人民法院调取的证据；（二）涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据；（三）确因客观原因不能自行收集的其他证据。若您认为被告隐瞒的证据属于上述情形之一，可依法申请法院调取。
利用法庭质证环节揭露证据隐瞒行为：
- 在法庭质证阶段，您有权对被告提交的证据进行质询和反驳。如果被告未提交某些关键证据，您可以在质证时明确指出这一点，并说明这些证据对案件事实认定的重要性。
- 通过质证，您可以揭露被告隐瞒证据的行为，使法庭对案件事实有更全面、准确的认识，从而为您的诉讼请求提供有力支持。
申请法院对被告进行处罚（如适用）：
- 如果被告故意隐瞒证据，且该行为严重影响了案件的公正审理，您可以根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，申请法院对被告进行处罚。
- 虽然直接对被告进行处罚的情况较为少见，但法院在查明事实后，有权对妨碍诉讼的行为采取相应的制裁措施，如罚款、拘留等。这不仅可以维护您的合法权益，也有助于维护诉讼秩序和司法公正。
在上诉或再审中主张权利：
- 如果一审法院未对被告隐瞒证据的行为作出恰当处理，导致案件结果对您不利，您可以在上诉或再审过程中继续主张这一权利。
- 在上诉或再审中，您可以详细阐述被告隐瞒证据的情况，并提供相关线索或证据（如您已掌握的部分证据或证据线索），请求上级法院或再审法院对案件进行重新审理，并作出公正判决。
法律背景与建议：
- 法律背景：行政诉讼中，被告作为行政机关，应当遵循诚实信用原则，如实提交与案件有关的证据。隐瞒主要证据不仅违反了这一原则，也损害了原告的合法权益和诉讼秩序。
- 建议：在行政诉讼过程中，您应密切关注被告提交的证据情况，一旦发现隐瞒证据的行为，应立即采取上述措施进行应对。同时，建议您在诉讼前尽可能收集并保存与案件有关的证据和线索，以便在诉讼过程中更好地维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果被告隐瞒证据的行为被法院查明并认定，可能会导致法院对案件事实的认定发生偏差，从而影响判决结果。在极端情况下，如果被告的行为构成妨碍诉讼的行为，还可能面临法院的处罚。
总结与进一步思考：
- 在行政诉讼中，面对被告隐瞒主要证据的情况，您应保持冷静并采取积极措施进行应对。通过及时提出异议、申请法院调取证据、利用质证环节揭露隐瞒行为以及在上诉或再审中主张权利等方式，您可以有效地维护自己的合法权益。
- 同时，您也应认识到行政诉讼的复杂性和专业性。如果您在诉讼过程中遇到任何困难或疑问，不妨直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。