撤回多元调解申请通常不影响您继续通过其他合法途径主张款项，但需注意程序衔接和时效问题。以下从不同角度为您详细分析：

1. 调解与诉讼/仲裁的关系
   多元调解是替代性纠纷解决机制，其核心特点是非终局性。即使您撤回调解申请，原纠纷的实体权利义务关系并未消灭，您仍可通过诉讼或仲裁等法定程序继续主张权利。例如，在民间借贷纠纷中，您撤回调解后仍可持借条等证据向法院起诉要求还款。

2. 程序衔接要点

   • 时效中断：根据《民法典》第195条，调解行为可构成诉讼时效中断事由。撤回调解申请后，诉讼时效重新计算3年（普通时效），您无需担心因调解耽误维权时间。
     
   • 证据保留：调解过程中形成的《调解申请书》《证据清单》等材料可作为后续诉讼证据，建议妥善保存。
     
   • 管辖问题：若调解机构与法院有协作机制（如诉调对接），撤回调解后可直接向对应法院立案，无需重复提交基础材料。

3. 特殊情形提示

   • 调解协议效力：若在调解过程中已达成书面协议但未履行，您需在协议约定的履行期届满后3年内起诉，否则可能丧失胜诉权。
     
   • 重复调解限制：部分地区规定同一纠纷6个月内不得重复申请调解，但不影响诉讼权利。
     
   • 执行阶段影响：若调解已进入司法确认程序（法院出具裁定书），撤回申请需经法院准许，否则可能影响后续执行。

建议行动步骤：

1. 确认撤回调解申请的具体原因（如证据补充、对方履约等），评估继续维权的必要性；
   
2. 整理借条、转账记录、沟通记录等核心证据，制作证据目录；
   
3. 根据纠纷类型选择管辖法院（如合同纠纷由被告住所地或合同履行地法院管辖）；
   
4. 撰写《民事起诉状》，明确诉讼请求（如本金、利息、违约金等）及事实理由。

如需进一步分析具体案件情况（如纠纷类型、调解阶段等），可直接向我提供细节，我将为您定制维权方案。