自然资源部撤销原兜底条款的法律依据主要来源于相关法律法规的修订及行政规范性文件的调整，具体分析如下：
法律法规修订的直接依据：
- 自然资源部作为国务院的组成部门，其职权和职责范围由《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国矿产资源法》、《中华人民共和国海域使用管理法》等相关法律法规明确规定。当这些法律法规进行修订时，若涉及对自然资源部职权或相关条款的调整，包括撤销原兜底条款，那么修订后的法律法规即成为自然资源部行动的直接法律依据。例如，若某部法律在修订时删除了原本赋予自然资源部某项兜底性权力的条款，那么自然资源部自然无权再依据该条款行事。
行政规范性文件的调整：
- 除了法律法规的修订外，自然资源部还可能根据国务院或上级部门的行政规范性文件来调整其内部规定或外部行为。这些行政规范性文件可能涉及对自然资源部职权范围的重新界定、对原有条款的细化解释或废止等。若某份行政规范性文件明确要求自然资源部撤销某项兜底条款，那么该文件即成为自然资源部行动的依据。
依法行政与合理行政的原则要求：
- 自然资源部作为行政机关，其所有行为均需遵循依法行政和合理行政的原则。依法行政要求行政机关必须依照法律法规的规定行使职权，不得超越或滥用职权；合理行政则要求行政机关在行使职权时，必须考虑相关因素，做到公平、公正、合理。若原兜底条款存在违反法律法规、超越职权范围或不合理之处，自然资源部有权依据依法行政和合理行政的原则，主动撤销或修改该条款。
实践中的具体案例与操作：
- 在实际操作中，自然资源部撤销原兜底条款可能还涉及对具体案例的考量。例如，若某项兜底条款在适用过程中引发了争议或纠纷，且经过审查发现该条款存在不明确、不具体或易引发误解等问题，那么自然资源部可能会考虑撤销或修改该条款，以避免类似问题的再次发生。
针对您可能关心的后续行动建议：
- 若您是相关利益方，且对自然资源部撤销原兜底条款的行为有异议，您可以首先查阅相关法律法规和行政规范性文件，了解该行为的法律依据和合理性。
- 若您认为该行为存在违法或不合理之处，您可以向自然资源部提出书面异议或申请行政复议，要求其重新审查并作出合理决定。
- 若您对行政复议结果仍不满意，您还可以依法向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
总结来说，自然资源部撤销原兜底条款的法律依据主要来源于相关法律法规的修订、行政规范性文件的调整以及依法行政和合理行政的原则要求。在处理此类问题时，建议您结合具体法律法规和实际情况进行综合分析，并依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。