关于协议存款违约金的计算问题，核心结论取决于协议中的具体约定以及适用的法律规定，以下分情况详细说明：

1. 协议中有明确违约金条款
   若双方签订的协议存款合同中已明确约定了违约金的计算方式（如按存款金额的百分比、固定金额或按日计算等），则直接按照合同约定执行。例如：合同约定“若提前支取需支付存款金额2%的违约金”，则违约金=存款金额×2%。
   法律依据：根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

2. 协议未约定违约金，但约定了损失赔偿
   若合同未明确违约金，但约定了因违约导致损失的赔偿范围（如利息损失、手续费等），则违约方需赔偿实际损失。例如：因提前支取导致银行无法按原期限使用资金，银行可主张利息差额损失。
   法律依据：根据《民法典》第五百八十四条，违约方需赔偿对方因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或应当预见到的损失。

3. 协议既未约定违约金，也未约定损失赔偿
   若合同对违约责任无任何约定，则需根据实际损失协商或通过法律途径确定赔偿金额。此时，守约方需举证证明因违约产生的具体损失（如资金成本、交易机会损失等）。
   实践建议：建议双方优先协商补充约定；若协商不成，可委托第三方机构评估损失，或通过诉讼/仲裁解决。

特别提醒：

• 违约金过高或过低时，法院或仲裁机构可根据《民法典》第五百八十五条第二款调整（如违约金超过实际损失30%的，可能被认定为“过高”）。
  
• 协议存款通常涉及金融机构，需注意合同是否受银保监会等监管部门规范，部分条款可能因违反强制性规定而无效。
  

若您有具体协议文本或案件细节，可进一步向我说明，我会结合条款内容与司法实践为您详细分析。