核心结论：用公司资金进行民间借贷事后补公司同意借款证明的行为，存在较大法律风险，需根据具体情况采取不同处理方式，可能涉及合规整改、承担民事责任甚至刑事责任。以下分情况详细说明：
一、若该民间借贷行为本身合法合规（符合公司章程及法律规定）
- 程序瑕疵补正：公司资金用于民间借贷，若公司章程允许且经过法定决策程序（如股东会或董事会决议），但当时未留存书面同意文件，事后补上证明属于对程序瑕疵的补正。此时，需确保补办的证明内容真实、完整，能够准确反映公司决策过程和同意借款的意思表示，例如决议记录、参会人员签字等。补正后，该借贷行为在法律上通常可被认定为有效，公司需按照约定履行还款义务或主张债权。
- 风险防范建议：为避免类似程序瑕疵，公司应建立健全内部决策机制，明确资金出借的审批流程和权限，确保每笔借贷业务均有完整的书面记录和决策文件。同时，定期对财务和法务进行合规培训，提高风险意识。
二、若该民间借贷行为存在程序或实体违法（违反公司章程或法律规定）
- 民事责任风险：
- 公司内部责任：若公司章程明确禁止资金出借或未经过法定决策程序，事后补办的证明可能被认定为无效。此时，擅自决定出借资金的责任人（如法定代表人、高管等）可能需对公司承担赔偿责任，赔偿范围包括公司因此遭受的损失（如资金占用利息、诉讼费用等）。
- 外部交易相对方责任：若借贷相对方（借款人）明知或应知公司出借资金未经过合法程序，仍与公司签订借款合同，可能被认定为恶意串通或重大过失，公司有权主张合同无效或撤销，并要求相对方返还资金。但若相对方为善意（不知情且无过错），公司可能需先向相对方履行还款义务，再向内部责任人追偿。
- 刑事责任风险：
- 挪用资金罪：若公司工作人员（如财务人员、高管）利用职务便利，将公司资金挪用给他人使用，数额较大且超过三个月未还，或进行营利活动、非法活动，可能构成挪用资金罪。事后补办证明不影响犯罪构成，责任人仍需承担刑事责任。
- 背信损害上市公司利益罪（如适用）：若公司为上市公司，其董事、监事、高级管理人员违背对公司的忠实义务，利用职务便利，操纵上市公司从事损害公司利益的行为（如无偿向其他单位提供资金），可能构成该罪。事后补办证明同样不影响犯罪认定。
- 处理建议：
- 立即停止违法行为：若发现借贷行为违法，公司应立即停止资金出借，并要求借款人返还资金。
- 内部追责：对擅自决定出借资金的责任人进行内部追责，包括但不限于警告、罚款、解除职务等，并要求其赔偿公司损失。
- 刑事报案：若涉嫌犯罪，公司应及时向公安机关报案，配合调查，并保留相关证据（如借款合同、转账记录、决策文件等）。
- 合规整改：对公司内部管理制度进行全面审查，修订公司章程和财务制度，明确资金出借的审批流程和权限，加强合规培训，防止类似事件再次发生。
三、特殊情形：表见代理或职务行为的认定
若公司工作人员以公司名义出借资金，但未经过合法授权，但相对方有理由相信其有代理权（如持有公司公章、合同章或介绍信等），可能构成表见代理。此时，公司仍需对相对方承担还款责任，但可向内部责任人追偿。为避免此类风险，公司应严格管理公章、合同章等重要物品，明确授权范围和期限，并定期对印章使用情况进行审计。
总结：用公司资金进行民间借贷事后补证明的行为，需根据借贷行为本身的合法性、程序合规性以及相对方是否善意等因素综合判断法律后果。建议公司加强内部管理，完善决策程序，避免类似风险。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细法律意见。