在女方要求亲子鉴定确认亲子关系而男方不同意的情况下，法院是否会同意，需根据具体情况综合判断，但通常若女方能提供必要证据且男方无正当理由拒绝鉴定，法院可能认定女方主张成立。以下从不同角度详细分析：

一、法律规定角度

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。
   • 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条进一步规定，父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。同理，若父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院也可以认定确认亲子关系一方的主张成立。

2. 法律原则：

   • 法院在处理此类案件时，会遵循尊重事实、保护当事人合法权益、维护社会公序良俗的原则。
   • 举证责任由提出主张的一方承担，即女方若主张确认亲子关系，需提供充分证据；若男方主张否认亲子关系，同样需承担举证责任。

二、诉讼程序角度

1. 女方起诉：

   • 若女方有合理证据怀疑孩子与男方无亲子关系，或男方不承认亲子关系而女方希望确认，女方可以向法院提起诉讼，并提供必要证据，如出生证明、亲密关系证明、遗传特征证据等。
   • 若女方提供必要证据，且男方无相反证据又拒绝鉴定，法院可能根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，认定女方主张成立。

2. 男方权益保护：

   • 法院在处理此类案件时，也会充分保障男方的合法权益。若女方证据不充分，或男方能提供相反证据，法院不会强制男方进行亲子鉴定。
   • 男方有权提出自己的证据和理由，反驳女方的主张，并请求法院进行公正裁决。

三、实际操作与建议

1. 沟通协商：

   • 在提起诉讼前，双方应首先尝试通过沟通协商解决问题。女方可以坦诚表达自己的疑虑和期望，男方也可以解释自己拒绝鉴定的原因。
   • 通过有效沟通，双方可能消除误解，达成一致意见，避免不必要的法律纠纷。

2. 提供证据：

   • 若女方决定提起诉讼，应提前收集并整理好相关证据，如出生证明、亲密关系证明、遗传特征证据等。
   • 证据应充分、合理，能够形成完整的证据链条，以支持女方的主张。

3. 尊重法院裁决：

   • 无论法院最终如何裁决，双方都应尊重并执行。若对裁决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
   • 避免采取过激行为或非法手段来解决问题，以免加重法律责任和后果。

四、可能后果与风险提示

1. 若法院认定亲子关系成立：

   • 男方需承担相应的法律责任和义务，如支付抚养费、履行抚养义务等。
   • 双方应共同努力，为孩子创造一个健康、和谐的成长环境。

2. 若法院认定亲子关系不成立：

   • 女方可能面临抚养权、抚养费等问题的重新调整。
   • 双方应妥善处理后续事宜，避免对孩子造成不必要的伤害和影响。

温馨提示：亲子鉴定是一个敏感且复杂的问题，涉及个人隐私、家庭关系和法律责任等多个方面。在处理此类问题时，建议双方保持冷静、理性，通过沟通协商或法律途径来解决问题。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。