利用工作便利通过虚开发票职务侵占90万元，可能面临五年以上有期徒刑，并处没收财产的刑事处罚，具体量刑需结合案件细节综合判断。以下从法律定性、量刑依据、量刑情节三个角度展开分析：

一、法律定性：构成职务侵占罪

根据《刑法》第271条，职务侵占罪是指公司、企业或其他单位人员，利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。本案中，行为人利用工作便利虚开发票套取公司资金90万元，符合职务侵占罪的构成要件：

1. 主体要件：行为人需是公司、企业或其他单位的工作人员（如财务、采购等岗位）；
2. 客观行为：通过虚开发票虚构交易，将公司资金转移至个人控制账户；
3. 主观故意：具有非法占有公司财物的目的；
4. 数额标准：根据司法解释，职务侵占罪“数额巨大”的标准为100万元以上，但部分地区（如北京、上海）将60万元以上认定为“数额巨大”。本案90万元已达到或接近“数额巨大”标准，可能适用更高量刑档次。

二、量刑依据：法定刑幅度

根据《刑法》第271条，职务侵占罪的量刑分为两档：

1. 数额较大的：处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
2. 数额巨大的：处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或没收财产。
   若90万元被认定为“数额巨大”，则基础量刑为三年以上十年以下有期徒刑；若被认定为“数额较大”（如部分地区特殊标准），则基础量刑为三年以下有期徒刑或拘役。但结合司法实践，90万元更可能被认定为“数额巨大”。

三、量刑情节：影响最终刑罚的关键因素

法院在量刑时会综合考量以下情节，可能对基础刑期进行调整：

1. 自首、立功：若行为人主动投案并如实供述，或检举他人犯罪经查证属实，可减轻处罚；
2. 退赃退赔：全额退还侵占资金或赔偿公司损失，可酌情从轻处罚；
3. 认罪认罚：签署认罪认罚具结书，可获得从宽处理；
4. 犯罪手段：虚开发票涉及伪造凭证、逃避监管等情节，可能被认定为“手段恶劣”，酌情从重处罚；
5. 前科劣迹：有同类犯罪前科或多次违法记录，可能被认定为“主观恶性深”，从重处罚。

实务建议

1. 立即停止犯罪行为：若案件尚未进入司法程序，应尽快终止侵占行为并退还资金；
2. 收集证据：保留与虚开发票、资金流向相关的书面或电子证据，以备辩护使用；
3. 咨询专业律师：结合案件细节（如地区标准、具体情节），律师可协助争取从轻、减轻处罚或适用缓刑。

如有进一步疑问或需具体分析，可直接向我提问，我将结合您的案件细节提供更精准的解答。