双方约定在施工单位纠纷的解决方式，通常取决于双方事先的约定内容以及纠纷的具体性质，常见的解决方式有以下几种：
协商解决：
- 双方可以首先尝试通过友好协商的方式解决纠纷。这种方式灵活、高效，且成本较低，有助于维护双方的关系。在协商过程中，双方可以就纠纷的具体事项、责任划分、赔偿金额等进行讨论，并寻求达成共识。
调解解决：
- 如果协商无果，双方可以考虑通过调解的方式解决纠纷。调解可以由第三方机构（如行业协会、调解委员会等）或专业人士（如律师、调解员等）主持，帮助双方达成和解协议。调解具有灵活性和保密性，且调解协议通常具有法律效力。
仲裁解决：
- 如果双方在合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，那么纠纷可以通过仲裁的方式解决。仲裁是一种准司法程序，由仲裁机构根据双方的仲裁协议和法律规定进行裁决。仲裁裁决具有终局性，对双方均具有约束力。
诉讼解决：
- 如果双方无法通过协商、调解或仲裁解决纠纷，那么任何一方都可以向人民法院提起诉讼。诉讼是解决纠纷的最终方式，由法院根据事实和法律规定进行判决。诉讼程序相对复杂，且成本较高，但判决具有强制执行力。
在处理施工单位纠纷时，建议双方注意以下几点：
- 保留证据：双方应妥善保管与纠纷相关的证据材料，如合同、发票、施工记录、验收报告等，以便在解决纠纷时提供有力支持。
- 及时沟通：双方应保持及时、有效的沟通，避免纠纷进一步升级。在沟通过程中，应尊重对方权益，寻求共同利益点，为解决纠纷创造有利条件。
- 寻求专业帮助：如果双方对纠纷解决方式存在疑问或无法达成一致意见，可以寻求专业律师或相关机构的帮助，以便更好地维护自身权益。
若您在施工单位纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。