在强制执行程序中，若被执行人款项已结清，通常由申请执行人负责向法院申请结案。具体分析如下：
申请执行人的主动申请
根据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第64条，执行结案的方式包括“被执行人自动履行完毕”。此时，申请执行人作为执行程序的启动方，需主动向法院提交《结案申请书》，并附上被执行人已履行完毕的证据（如转账记录、收条等）。法院审核确认后，会出具《执行结案通知书》并归档。
法院依职权结案的例外情形
若被执行人通过法院账户直接履行（如法院扣划存款、拍卖财产后分配款项），法院在款项到账并完成发放后，可能依职权主动结案，无需申请执行人另行申请。但实践中，法院通常仍会要求申请执行人确认履行情况，以避免程序瑕疵。
被执行人申请结案的补充说明
被执行人虽无直接申请结案的法定义务，但若其已履行完毕但申请执行人未配合申请结案，被执行人可向法院提交《履行完毕证明》及证据，要求法院裁定终结执行。此情形多发生于双方存在争议或申请执行人失联时。
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