关于商铺物业费逾期违约金的计算问题，这确实是一个涉及合同约定、法律法规以及实际操作等多个层面的复杂议题。下面我将为您详细解析这一问题，帮助您更好地理解和应对。

首先，物业费违约金的计算主要依据物业服务合同的约定。在签订物业服务合同时，双方（即业主或物业使用人与物业服务企业）会就物业费的支付方式、时间以及逾期支付的违约金等条款进行明确约定。如果合同中明确规定了违约金的比例，比如每逾期一日按欠费金额的千分之一支付，或者规定了固定金额，如每次违约支付500元，那么业主或物业使用人就需要按照这一约定来支付违约金。

其次，违约金的计算也受到《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的调整。根据民法典的规定，约定的违约金应当合理，既不过高也不过低。如果违约金过分高于造成的实际损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求适当减少；反之，如果违约金低于造成的损失，也可以适当增加。这意味着，即使合同中有约定，但如果违约金数额不合理，仍然有可能被法律进行调整。

再者，如果物业服务合同中没有对违约金作出明确约定，或者约定不明确，那么物业服务企业一般不能直接主张违约金。但是，他们可以要求业主赔偿因逾期缴费给企业造成的实际损失。这种损失通常参考银行同期贷款利率等标准来确定资金占用期间的损失。

此外，在合同无约定或存在争议的情况下，当事人应首先通过友好协商解决。协商是解决纠纷的一种高效且成本较低的方式。如果协商不成，那么可以通过诉讼或仲裁等法律途径来解决纠纷。

最后，需要提醒的是，物业服务企业在收取费用时必须严格遵守相关法律法规和合同约定。他们不得擅自扩大收费范围、提高收费标准或重复收费。如果物业服务企业存在违规收费行为，业主或物业使用人有权拒绝支付不合理的费用，并向相关部门投诉举报以维护自身合法权益。

综上所述，商铺物业费逾期违约金的计算是一个涉及多个方面的复杂问题。在实际操作中，建议您仔细审查物业服务合同条款，合理约定违约金数额，并在发生争议时积极寻求法律途径解决纠纷。希望这些解答能对您有所帮助。