收费公路经营管理者不可以擅自阻止摩托车上高速，其行为是否合法需根据具体交通管理规定来判断。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第七十八条，摩托车在高速公路上行驶的速度不得超过每小时80公里，这表明摩托车在法律上是被允许上高速的。
- 同时，《中华人民共和国道路交通安全法》第六十七条及《安徽省实施<中华人民共和国道路交通安全法>办法》第四十四条规定了禁止进入高速公路的车辆类型，但并未明确包括摩托车。
实际情况分析：
- 尽管法律未明确禁止摩托车上高速，但部分地区出于道路条件和安全管理等方面的考虑，可能出台了相应的政策，明确禁止摩托车驶入高速公路。
- 在此情况下，如果当地的法规允许摩托车进入高速公路，那么收费站的阻止行为就属于违法行为；反之，如果当地法规明确禁止摩托车进入高速公路，那么收费站的阻止行为就是合法的。
建议：
- 摩托车驾驶者在计划上高速前，应首先了解并遵守当地的具体交通管理规定。
- 如遇收费站阻止摩托车上高速的情况，可以询问收费站工作人员具体的法规依据，并据此判断其行为是否合法。
- 若认为收费站的阻止行为缺乏法律依据，可以依法向相关部门反映或投诉。
综上所述，收费公路经营管理者是否可以阻止摩托车上高速，取决于当地的具体交通管理规定。因此，建议摩托车驾驶者在计划上高速前，务必了解并遵守相关规定，以避免不必要的纠纷。