结论：土地协议即使有村书记作证且双方按了手指印，也不一定具有法律效力，关键在于该协议是否符合法律规定的生效要件，同时，由于土地在另一方的土地证上，这可能会对协议的效力产生进一步影响。以下从多个角度进行分析：
一、协议本身的法律效力
形式要件：
- 根据《民法典》的相关规定，民事法律行为可以基于双方的意思表示一致而成立，有的需要采用书面形式。对于土地相关的协议，虽然法律并未明确规定必须采用书面形式，但为了明确双方的权利义务，避免纠纷，建议采用书面形式。
- 村书记作为见证人，其见证行为本身并不直接赋予协议法律效力，但可以作为证明协议存在及双方意思表示真实的一个辅助证据。
实质要件：
- 协议双方必须具有完全民事行为能力，即能够独立进行民事活动，承担民事责任。
- 协议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。对于土地协议，必须确保协议内容不违反土地管理法等相关法律法规的规定。
- 协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
二、土地证对协议效力的影响
- 如果土地在另一方的土地证上，这意味着该土地的使用权或所有权已经依法登记在另一方名下。在这种情况下，即使双方签订了土地协议，该协议也可能因为涉及土地权属的变更而需要依法办理相关手续（如土地使用权转让登记）才能产生法律效力。
- 如果协议内容涉及非法转让、出租、抵押土地使用权等行为，那么该协议不仅无效，还可能面临法律制裁。
三、建议与措施
核实土地权属：
- 在签订任何土地协议之前，务必核实土地的权属情况，确保协议内容不涉及非法转让、出租、抵押等行为。
完善协议内容：
- 协议应明确双方的权利义务、土地的具体位置、面积、用途、使用期限、转让条件等关键信息。
- 协议应注明违约责任和争议解决方式，以便在发生纠纷时能够及时解决。
办理相关手续：
- 如果协议内容涉及土地权属的变更，应依法办理相关手续（如土地使用权转让登记），以确保协议的合法性和有效性。
寻求法律帮助：
- 在签订土地协议之前或发生纠纷时，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到保障。
总结来说，土地协议的法律效力取决于其是否符合法律规定的生效要件以及土地权属情况。在签订土地协议时，务必谨慎对待，确保协议内容合法、明确，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。