若单位规章制度明确禁止员工持有其他企业股份，而员工因继承取得股份的，可按以下方式处理：

1. 核查单位规章制度的合法性及具体内容
   首先需确认单位“禁止持有其他企业股份”的制度是否合法。根据《劳动合同法》第四条，用人单位规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）且内容不违反法律强制性规定。若制度本身违法（如无合理理由限制员工合法财产权），则对员工不产生约束力，员工可依法继承股份。
   若制度合法，需进一步明确其禁止范围：是禁止“所有外部企业股份”，还是仅禁止“与本单位存在竞争关系的企业股份”？若为后者，员工继承的股份若与单位无竞争关系，可能不构成违规。

2. 区分继承行为的性质与单位规章的适用性
   继承是法定权利，根据《民法典》第一千一百二十条，自然人依法享有继承权，且继承的财产权（包括股权）受法律保护。单位规章制度通常无法直接剥夺员工的继承权，但可能通过“限制持股后的行为”间接约束（如要求员工转让继承的股份）。
   若单位要求员工“必须转让继承的股份”，需满足以下条件：

   • 制度中明确规定“继承股份需转让”；
     
   • 转让要求合理（如避免利益冲突）；
     
   • 单位提供合理期限或协助转让（如协助联系买家、按市场价回购等）。
     若单位强制要求员工无偿放弃股份或以明显低于市场价转让，可能侵犯员工财产权，员工可拒绝并主张权利。

3. 与单位协商或通过法律途径解决
   若单位以“违反制度”为由对员工进行处罚（如降薪、解雇），员工可采取以下措施：

   • 协商沟通：向单位说明继承的合法性，提供继承文件（如遗嘱、公证书等），争取单位理解或调整制度适用；
     
   • 申请劳动仲裁：若单位处罚缺乏依据，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，主张单位行为违法并要求恢复劳动关系、赔偿损失；
     
   • 诉讼维权：若仲裁未果，可向法院起诉，要求确认单位制度无效或处罚违法。

总结建议：
先核查单位制度的合法性及具体条款，若制度合法且明确要求转让继承股份，可与单位协商转让方案（如按市场价转让）；若制度违法或要求不合理，可拒绝并保留证据，通过劳动仲裁或诉讼维权。具体操作需结合单位制度内容、股份性质（如是否涉及竞业限制）等综合判断，建议根据实际情况进一步向我咨询细节。