结论：关于信用卡31000元逾期后协商分期还款，还需支付3000元利息是否合适，这并没有一个绝对的答案，而是需要从多个角度进行综合考量。以下是从不同角度的详细分析：
利息的合法性：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》（虽针对民间借贷，但信用卡逾期利息的合法性判断可参照其精神），利息的约定应当合理，不得超过法定上限。对于信用卡逾期利息，通常银行会按照一定的比例（如日万分之五）来计算，这个比例在法律允许的范围内是合理的。因此，如果3000元利息是在这个合理范围内计算得出的，那么它是合法的。
协商过程的透明性：
- 在协商分期还款的过程中，银行应当明确告知用户利息的计算方式、总额以及分期还款的具体安排。如果银行在协商过程中没有充分披露这些信息，或者用户对利息的计算方式存在疑问，那么用户有权要求银行进行解释和说明。如果银行无法提供合理的解释，或者利息的计算方式存在不透明之处，那么用户有权对利息的合理性提出质疑。
用户的还款能力：
- 用户在考虑是否接受分期还款方案时，应当充分考虑自己的还款能力。如果3000元利息对于用户来说是一个沉重的负担，导致用户无法按时还款，那么这可能会进一步加剧用户的财务困境。在这种情况下，用户可以尝试与银行协商降低利息或者延长还款期限，以减轻还款压力。
替代方案的比较：
- 用户还可以考虑其他替代方案，比如一次性还清欠款以避免支付利息，或者寻找其他金融机构提供更优惠的贷款条件来偿还信用卡欠款。当然，这些方案都需要用户根据自己的实际情况进行权衡和选择。
具体计算与考量：
- 假设信用卡逾期利息是按照日万分之五来计算，那么31000元逾期一个月的利息大约是465元（31000 * 0.0005 * 30）。如果协商的分期还款期限较长，比如一年，那么3000元利息在合理范围内，因为考虑到资金的时间价值和银行的风险成本。但如果分期还款期限较短，比如只有几个月，那么3000元利息可能相对较高，用户可以进一步与银行协商。
建议：
- 用户在接受分期还款方案前，应当仔细阅读合同条款，确保自己完全理解利息的计算方式、总额以及分期还款的具体安排。
- 如果用户对利息的合理性存在疑问，或者认为利息过高，可以尝试与银行进行协商，寻求更合理的解决方案。
- 如果用户无法按时还款或者面临严重的财务困境，可以考虑寻求专业的法律援助或者财务咨询，以帮助自己更好地应对问题。
如果您有进一步的法律问题或者需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的解答。