结论前置：在分公司作为被执行人且其财产不足以清偿债务的情况下，通常可以直接申请将总公司作为被执行人，但需遵循法定程序和条件。
一、法律依据与分公司、总公司的法律关系
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条：“法人可以依法设立分支机构。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。”
- 《中华人民共和国公司法》第十四条也明确规定：“分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”
- 《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第十五条：“作为被执行人的法人分支机构，不能清偿生效法律文书确定的债务，申请执行人申请变更、追加该法人为被执行人的，人民法院应予支持。”
分公司与总公司的法律关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，因此不能独立承担法律责任。其民事责任最终由总公司承担，分公司管理的财产实际上属于总公司所有，没有自己的独立财产。
二、执行条件及程序
执行条件：
- 当分公司作为被执行人，且其管理的财产不足以清偿生效法律文书确定的债务时，申请执行人有权申请变更、追加总公司为被执行人。
- 如果总公司直接管理的责任财产也不足以清偿债务，人民法院还可以直接执行该总公司其他分支机构的财产。
执行程序：
- 申请执行人需向执行法院提出书面申请，说明变更、追加总公司为被执行人的事实和理由，并提供相应证据，如分公司的财产状况、债务情况等。
- 执行法院会对申请进行审查，若符合法定条件，将裁定变更、追加总公司为被执行人，并对总公司的财产采取相应执行措施，如冻结银行账户、查封财产等。
- 在执行过程中，法院会根据具体情况进行审查和判断，确保执行行为的合法性和合理性，同时保障总公司的合法权益。
三、特殊情况与注意事项
特殊情况：
- 如果分公司有独立的财产且该财产与总公司的财产相互独立（这种情况较为少见），执行时应先以分公司的财产为限。但通常情况下，分公司的财产并不独立于总公司。
- 总公司如果能证明其与分公司的财产相互独立且分公司的债务与总公司无关（这在实际操作中难度较大），可能不会被执行。但这种情况需要总公司提供充分的证据来证明。
注意事项：
- 在执行总公司的财产时，应遵循法律规定的程序，如发出执行通知书等，确保总公司的合法权益得到保障。
- 总公司有权提出异议，如果认为执行行为违反法律规定或侵犯其合法权益，可以通过法定程序进行救济，如提出执行异议、申请复议等。
四、综合建议
- 对于申请执行人：在分公司作为被执行人且财产不足以清偿债务时，可以积极向执行法院申请变更、追加总公司为被执行人，以维护自己的合法权益。
- 对于总公司：应加强对分公司的管理和监督，确保分公司的经营活动合法合规，避免分公司因违法行为或管理不善而引发债务纠纷。同时，在接到执行法院的通知后，应积极配合执行工作，提供必要的证据和资料。
总结：在分公司作为被执行人且其财产不足以清偿债务的情况下，通常可以直接申请将总公司作为被执行人。但具体执行情况还需根据分公司的财产状况、总公司与分公司的财产关系以及法院的具体判断来确定。在执行过程中，应严格遵循法定程序和条件，确保各方当事人的合法权益得到充分保障。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。