程序瑕疵补充鉴定是否可以再收费，需根据具体情况来判断，一般而言，若因原鉴定程序存在瑕疵而需补充鉴定，且该补充鉴定并非因当事人原因导致，鉴定机构通常可以收取相应费用。以下从不同角度进行详细分析：

一、鉴定费用的基本原则

鉴定费用通常遵循“谁委托，谁支付”的原则。在合同纠纷等民事案件中，当事人为了证明自己的主张或反驳对方的主张，可能会委托鉴定机构进行鉴定。鉴定机构根据委托事项进行鉴定，并收取相应的鉴定费用。若因原鉴定程序存在瑕疵，如鉴定方法不当、鉴定材料不完整等，导致鉴定结果不准确或存在争议，此时可能需要进行补充鉴定。

二、补充鉴定的费用承担

1. 非当事人原因导致的补充鉴定：

   • 若补充鉴定是由于原鉴定程序存在瑕疵，且该瑕疵并非由当事人造成（如鉴定机构自身失误、鉴定标准不明确等），那么鉴定机构通常有权要求当事人支付补充鉴定的费用。这是因为鉴定机构已经为完成原鉴定付出了一定的成本，而补充鉴定是为了纠正原鉴定的瑕疵，确保鉴定结果的准确性和公正性。

2. 当事人原因导致的补充鉴定：

   • 若补充鉴定是由于当事人提供的信息不准确、不完整或存在误导，导致原鉴定程序出现瑕疵，那么补充鉴定的费用可能由当事人自行承担。这是因为当事人有义务提供真实、完整、准确的鉴定材料和信息，若因其原因导致鉴定程序瑕疵，应承担相应的责任。

三、实际操作中的注意事项

1. 合同约定：

   • 在委托鉴定时，当事人应与鉴定机构明确约定鉴定费用的支付方式、标准以及补充鉴定的费用承担等事项。这有助于避免在后续过程中因费用问题产生争议。

2. 鉴定程序合规性：

   • 鉴定机构在进行鉴定时，应严格遵守相关法律法规和鉴定标准，确保鉴定程序的合规性和鉴定结果的准确性。若因鉴定机构自身原因导致鉴定程序瑕疵，其应承担相应的责任，包括可能免除或减少补充鉴定的费用。

3. 协商与调解：

   • 若在补充鉴定费用承担问题上存在争议，当事人可以与鉴定机构进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。若协商无果，可以寻求第三方调解或通过法律途径解决争议。

四、法律依据

虽然具体的法律依据可能因地区和案件类型而有所不同，但一般来说，鉴定费用的承担和补充鉴定的相关事宜可以参照《中华人民共和国民事诉讼法》、《中华人民共和国合同法》（现已被《中华人民共和国民法典》合同编替代）以及相关司法解释的规定。这些法律法规和司法解释为鉴定费用的承担和补充鉴定的程序提供了基本的法律框架和指导原则。

总结来说，程序瑕疵补充鉴定是否可以再收费，需根据补充鉴定的原因、合同约定以及实际操作中的具体情况来判断。若您在合同纠纷中遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。