故意毁坏他人摩托车损失费超过5000元，并不一定会导致刑事立案，但确实存在被立案的可能性。具体分析如下：

1. 立案标准：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十五条及《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第三十三条，故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，构成故意毁坏财物罪。其中，“数额较大”通常是以五千元为起点。因此，如果故意毁坏他人摩托车的损失费超过5000元，确实满足了刑事立案的一个条件。

2. 可能的情况：

   • 刑事立案：若公安机关认为案件事实清楚，证据确实充分，且符合刑事立案标准，那么会依法进行立案侦查，并可能追究行为人的刑事责任。
   • 民事纠纷处理：如果财物损坏是由民事纠纷引发的，双方可以先尝试自行协商，就赔偿等问题达成一致。若协商无果，受损方可以通过民事诉讼途径要求对方赔偿损失。在这种情况下，不一定需要通过刑事立案来解决。

3. 影响因素：

   • 具体的立案决定还会受到地区经济发展水平、案件具体情况、行为人主观恶意程度等多种因素的影响。例如，在经济发达地区，五千元可能不被视为“数额较大”，而在经济欠发达地区，则可能达到立案标准。

4. 建议：

   • 如果您的摩托车被故意毁坏，且损失费超过5000元，您应立即向公安机关报案，并提供相关证据。
   • 同时，您也可以考虑咨询专业律师（如我），了解您的权益及可能的法律途径，以便更好地维护您的合法权益。

综上所述，故意毁坏他人摩托车损失费超过5000元，并不一定会导致刑事立案，但确实存在这种可能性。具体处理结果需根据案件的具体情况和公安机关的判断来确定。