关于“员工在公司取证是否合法”的问题，这实际上涉及多个层面，包括公司取证的目的、方式以及员工的权益保护等。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司取证本身并非绝对合法或非法，而是取决于取证的具体行为和目的。如果公司是为了合法合规的目的，如进行内部调查、核实员工信息或履行法律义务等，且取证方式合法、正当，不侵犯员工的合法权益，那么这种取证行为是合法的。
然而，如果公司取证的目的不正当，或者取证方式侵犯了员工的合法权益，如未经员工同意擅自使用其证书资质、扣押员工证件等，那么这种取证行为就是非法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。此外，如果公司使用员工证书资质但未告知具体用途，也可能涉及员工权益的侵占，员工有权要求公司告知使用情况，并在必要时申请相应的权益保护。
具体来说，以下几种情况可能涉及非法取证或侵犯员工权益：
公司未经员工同意擅自使用其证书资质：这可能构成对员工权益的侵占，尤其是当公司使用员工的证书参与项目合同投标时，如果未给予员工相应的知情权和同意权。
公司扣押员工证件：根据法律规定，用人单位不得扣押劳动者居民身份证等证件。如果公司扣押了员工的证件，员工有权要求公司立即退还，并可以向劳动行政部门投诉。
公司取证方式不当：如果公司在取证过程中采用了非法手段，如窃取、伪造证据等，那么这种取证行为不仅非法，还可能构成犯罪。
针对这些情况，员工可以采取以下措施来保护自己的权益：
与公司沟通协商：首先，员工可以尝试与公司的人力资源部门或相关部门进行沟通，明确了解证书的使用情况、责任划分以及可能的补贴政策等。通过协商，寻求合理的解决方案。
向劳动行政部门投诉：如果公司拒绝退还扣押的证件或拒绝告知证书使用情况，员工可以向当地的劳动行政部门投诉，要求公司依法履行义务。
寻求法律援助：如果员工的权益受到严重侵害，且无法通过协商或投诉解决，员工可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，员工在公司取证是否合法取决于取证的具体行为和目的。员工应了解自己的权益保护途径，并在必要时采取措施来保护自己的合法权益。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。