关于您提出的“土地租赁合同作废协议电子版是否有效”的问题，这主要取决于多个因素，包括协议的内容、签订过程以及是否符合相关法律法规的要求。以下是对此问题的详细解答：
一、电子版协议的法律效力基础
电子版协议，在符合《中华人民共和国电子签名法》等相关法律法规的前提下，与纸质版协议具有同等的法律效力。这意味着，只要电子版协议能够满足法律对书面形式的要求，并且双方当事人在签订过程中均表达了真实意愿，那么该协议就是有效的。
二、土地租赁合同作废协议的有效性要件
主体适格：
- 出租方和承租方必须具备签订土地租赁合同及作废协议的合法资格。例如，出租方需是依法有权处分该土地的主体，承租方需具备完全民事行为能力。
意思表示真实：
- 双方签订作废协议必须基于真实意愿，无欺诈、胁迫、重大误解等情形。这要求双方在签订过程中充分沟通，确保对协议内容有清晰、准确的理解。
内容合法：
- 作废协议的内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定。例如，不得通过作废协议来规避法律责任或损害国家、集体和他人合法权益。
形式合规：
- 虽然电子版协议在形式上与传统纸质版有所不同，但只要它符合电子签名法等相关法律法规对电子文档和电子签名的要求，就可以被视为合规的形式。这通常要求使用可靠的电子签名技术，并确保电子文档的完整性和不可篡改性。
履行必要程序：
- 如果原土地租赁合同涉及集体土地或需要特定程序（如村民会议讨论决定），那么作废协议也可能需要履行相应的程序。这有助于确保作废协议的合法性和有效性。
三、确保电子版作废协议有效的建议
使用可靠的电子签名技术：
- 选择符合法律要求的电子签名服务提供商，确保电子签名的真实性和可靠性。
保存完整的电子文档：
- 确保电子版作废协议的完整性和不可篡改性，可以采取加密存储、备份等措施。
明确协议内容：
- 在作废协议中明确双方的权利义务、作废原因、作废后的处理方式等关键条款，以避免潜在的法律纠纷。
咨询专业法律意见：
- 在签订电子版作废协议前，建议咨询专业律师或法律机构，以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，土地租赁合同作废协议电子版在符合相关法律法规要求的前提下是有效的。但为了确保其有效性，双方应仔细审查协议内容、使用可靠的电子签名技术、保存完整的电子文档，并在必要时咨询专业法律意见。