关于更换二手发动机是否合法的问题，这主要取决于更换发动机的具体情况和是否遵循了相关法律法规。

首先，非法改装的情况是明确不被允许的。根据《道路交通安全法》及《机动车登记规定》，未经批准擅自改变车辆结构、构造或特征，尤其是更换发动机等关键部件（特别是来源不明的部件），属于非法改装。这种行为不仅可能导致车辆无法通过年检，还可能面临行政处罚，如责令恢复原状、罚款，甚至收缴非法装置和更高额的罚款。

然而，在合法合规的前提下更换发动机是可以的。具体来说，如果新发动机的型号与原车一致，或者是公告允许的选装型号，并且更换过程遵循了以下步骤，那么这种更换就是合法的：

1. 准备必要文件：包括身份证明、登记证书、行驶证、新发动机的合格证，以及更换原因的证明（如质量问题或事故维修证明）。

2. 更换后上线检测：更换发动机后，车辆必须上线检测并取得合格报告。

3. 办理变更登记：凭检测合格报告到车管所验车，并办理变更登记，将更换发动机的信息记录在车辆登记证书上。

以您提到的案例为例，如果4S店在更换发动机前没有得到车主的明确同意，或者更换的发动机型号与原车不一致且未经公告允许，那么这种更换就是非法的。这可能导致车辆无法过户、年检等问题，甚至可能引发法律纠纷。

建议：

• 如果您打算更换二手发动机，请务必确保新发动机的型号与原车一致或为公告允许选装型号。
• 在更换前，与4S店或维修厂明确沟通并确认更换细节，包括更换原因、新发动机型号、价格等。
• 更换后，及时办理上线检测和变更登记手续，确保车辆合法上路。

总之，更换二手发动机本身并不违法，但必须遵循相关法律法规和程序。如果您有任何疑问或不确定的地方，建议咨询当地车管所或专业律师以获取更准确的指导。